Consensus molecular subtypes in colorectal cancer differ by geographic region.
Notice bibliographique
Résumé
4061 Background: The consensus molecular subtypes (CMS) have emerged as a novel classification in colorectal cancer (CRC). However, these subtypes, were mostly derived from a US/European population, and have scant data in other ethnic groups. This study aimed to demonstrate molecular subtypes of CRC across geographic regions. Methods: Formalin fixed paraffin embedded (FFPE) tissue from untreated patients with stage II-III colon cancer from Brazil, Canada, Mexico, Thailand, and the US were evaluated. Gene expression profiling was performed at the University of Texas MD Anderson Cancer Center using NanoString’s nCounter technology and an optimized classifier for FFPE. Results: A total of 366 samples were included in this study, evenly distributed between the 5 international sites. While the US population matched previously reported distributions, the distribution of CMS subtypes varied substantially by region (P < 0.0001). While CMS1 was still associated with right-sided tumors (P < 0.001) and deficient mismatch repair (dMMR) (P < 0.001), the prevalence varied between 8% in Brazil to 30% in Mexico. CMS2 was found vary from 14% in Mexico to 47% in Brazil. The metabolic CMS3 subtype was present in only 3% in Thailand, but as high as 19% in Brazil. CMS4 was confirmed to be associated with higher stage (P = 0.047), and the prevalence was lowest in Brazil (14%) compared to 44% and 49% in US and Mexico, respectively. Expansion of study cohort is ongoing. Conclusions: CMS subtype prevalence differs substantially by geographic region in CRC. These variations suggest that transcriptomic-defined disease biology in international populations may be more heterogeneous than previously appreciated. Further studies in global populations are required to validate and extend these findings, which may have important impact for novel therapeutic development.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».