Genome-enabled phylogenetic and functional reconstruction of an araphid pennate diatom Plagiostriata sp. CCMP470, previously assigned as a radial centric diatom, and its bacterial commensal
Notice bibliographique
Résumé
Diatoms are an ecologically fundamental and highly diverse group of algae, dominating marine primary production in both open-water and coastal communities. The diatoms include both centric species, which may have radial or polar symmetry, and the pennates, which include raphid and araphid species and arose within the centric lineage. Here, we use combined microscopic and molecular information to reclassify a diatom strain CCMP470, previously annotated as a radial centric species related to Leptocylindrus danicus, as an araphid pennate species in the staurosiroid lineage, within the genus Plagiostriata. CCMP470 shares key ultrastructural features with Plagiostriata taxa, such as the presence of a sternum with parallel striae, and the presence of a highly reduced labiate process on its valve; and this evolutionary position is robustly supported by multigene phylogenetic analysis. We additionally present a draft genome of CCMP470, which is the first genome available for a staurosiroid lineage. 270 Pfams (19%) found in the CCMP470 genome are not known in other diatom genomes, which otherwise does not hold big novelties compared to genomes of non-staurosiroid diatoms. Notably, our DNA library contains the genome of a bacterium within the Rhodobacterales, an alpha-proteobacterial lineage known frequently to associate with algae. We demonstrate the presence of commensal alpha-proteobacterial sequences in other published algal genome and transcriptome datasets, which may indicate widespread and persistent co-occurrence.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».