Identification of potential candidate genes and pathways in atrioventricular nodal reentry tachycardia by whole‐exome sequencing
Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND: Atrioventricular nodal reentry tachycardia (AVNRT) is the most common manifestation of paroxysmal supraventricular tachycardia (PSVT). Increasing data have indicated familial clustering and participation of genetic factors in AVNRT, and no pathogenic genes related to AVNRT have been reported. METHODS: Whole-exome sequencing (WES) was performed in 82 patients with AVNRT and 100 controls. Reference genes, genome-wide association analysis, gene-based collapsing, and pathway enrichment analysis were performed. A protein-protein interaction (PPI) network was then established; WES database in the UK Biobank and one only genetic study of AVNRT in Denmark were used for external data validation. RESULTS: Among 95 reference genes, 126 rare variants in 48 genes were identified in the cases (minor allele frequency < 0.001). Gene-based collapsing analysis and pathway enrichment analysis revealed six functional pathways related to AVNRT as with neuronal system/neurotransmitter release cycles and ion channel/cardiac conduction among the top 30 enriched pathways, and then 36 candidate pathogenic genes were selected. By combining with PPI analysis, 10 candidate genes were identified, including RYR2, NOS1, SCN1A, CFTR, EPHB4, ROBO1, PRKAG2, MMP2, ASPH, and ABCC8. From the UK Biobank database, 18 genes from candidate genes including SCN1A, PRKAG2, NOS1, and CFTR had rare variants in arrhythmias, and the rare variants in PIK3CB, GAD2, and HIP1R were in patients with PSVT. Moreover, one rare variant of RYR2 (c.4652A > G, p.Asn1551Ser) in our study was also detected in the Danish study. Considering the gene functional roles and external data validation, the most likely candidate genes were SCN1A, PRKAG2, RYR2, CFTR, NOS1, PIK3CB, GAD2, and HIP1R. CONCLUSION: The preliminary results first revealed potential candidate genes such as SCN1A, PRKAG2, RYR2, CFTR, NOS1, PIK3CB, GAD2, and HIP1R, and the pathways mediated by these genes, including neuronal system/neurotransmitter release cycles or ion channels/cardiac conduction, might be involved in AVNRT.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».