Refining the transcriptome of the human malaria parasite Plasmodium falciparum using amplification-free RNA-seq
Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND: Plasmodium parasites undergo several major developmental transitions during their complex lifecycle, which are enabled by precisely ordered gene expression programs. Transcriptomes from the 48-h blood stages of the major human malaria parasite Plasmodium falciparum have been described using cDNA microarrays and RNA-seq, but these assays have not always performed well within non-coding regions, where the AT-content is often 90-95%. RESULTS: We developed a directional, amplification-free RNA-seq protocol (DAFT-seq) to reduce bias against AT-rich cDNA, which we have applied to three strains of P. falciparum (3D7, HB3 and IT). While strain-specific differences were detected, overall there is strong conservation between the transcriptional profiles. For the 3D7 reference strain, transcription was detected from 89% of the genome, with over 78% of the genome transcribed into mRNAs. We also find that transcription from bidirectional promoters frequently results in non-coding, antisense transcripts. These datasets allowed us to refine the 5' and 3' untranslated regions (UTRs), which can be variable, long (> 1000 nt), and often overlap those of adjacent transcripts. CONCLUSIONS: The approaches applied in this study allow a refined description of the transcriptional landscape of P. falciparum and demonstrate that very little of the densely packed P. falciparum genome is inactive or redundant. By capturing the 5' and 3' ends of mRNAs, we reveal both constant and dynamic use of transcriptional start sites across the intraerythrocytic developmental cycle that will be useful in guiding the definition of regulatory regions for use in future experimental gene expression studies.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».