Machine learning analyses of methylation profiles uncovers tissue‐specific gene expression patterns in wheat
Notice bibliographique
Résumé
Abstract DNA methylation is a mechanism of epigenetic modification in eukaryotic organisms. Generally, methylation within genes promoter inhibits regulatory protein binding and represses transcription, whereas gene body methylation is associated with actively transcribed genes. However, it remains unclear whether there is interaction between methylation levels across genic regions and which site has the biggest impact on gene regulation. We investigated and used the methylation patterns of the bread wheat cultivar Chinese Spring to uncover differentially expressed genes (DEGs) between roots and leaves, using six machine learning algorithms and a deep neural network. As anticipated, genes with higher expression in leaves were mainly involved in photosynthesis and pigment biosynthesis processes whereas genes that were not differentially expressed between roots and leaves were involved in protein processes and membrane structures. Methylation occurred preponderantly (60%) in the CG context, whereas 35 and 5% of methylation occurred in CHG and CHH contexts, respectively. Methylation levels were highly correlated (r = 0.7 to 0.9) between all genic regions, except within the promoter (r = 0.4 to 0.5). Machine learning models gave a high (0.81) prediction accuracy of DEGs. There was a strong correlation (p‐value = 9.20×10 −10 ) between all features and gene expression, suggesting that methylation across all genic regions contribute to gene regulation. However, the methylation of the promoter, the CDS and the exon in CG context was the most impactful. Our study provides more insights into the interplay between DNA methylation and gene expression and paves the way for identifying tissue‐specific genes using methylation profiles.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».