Abstract B27: Modeling the impact of miR-200s on mammary tumor initiation and progression in vitro and in vivo
Notice bibliographique
Résumé
Abstract MicroRNAs (miRNAs) are small, noncoding RNAs that regulate mRNA translation through inhibiting the translation of mRNAs into proteins or through degrading mRNAs. Each miRNA potentially targets hundreds of mRNAs, and thus an individual miRNA can regulate entire gene networks. The miR-200 family consists of 5 miRNAs (miR-141, miR-200a, miR-200b, miR-200c, miR-429) organized into two clusters: the miR-200c/141 cluster and the miR-200b/200a/429 cluster. The miR-200s regulate a variety of cellular functions, with the best characterized being their ability to target mesenchymal transcription factors and thus maintain an epithelial phenotype. Given that miR-200s maintain an epithelial phenotype, we evaluated their role in mesenchymal mammary tumors. All five miR-200s were expressed at significantly lower levels in the murine mesenchymal mammary tumor cell line RJ423 and the human mesenchymal breast cancer cell line MDA-MB-231 compared to epithelial tumor cell lines. To evaluate the function of miR-200s, the miR-200c/141 and miR-200b/200a/429 clusters were re-expressed in the mesenchymal mammary tumors. Re-expression of the miR-200c/141 cluster partially restored an epithelial phenotype in MDA-MB-231 cells while the miR-200b/200a/429 cluster partially restored an epithelial phenotype in RJ423 cells. Re-expression of the miR-200c/141 cluster in MDA-MB-231 cells and re-expression of the miR-200b/200a/429 cluster in RJ423 cells significantly suppressed tumor growth following intramammary injection and altered the tumor microenvironment. To identify genes regulated by miR-200 expression, RNA sequencing was performed on control and miR-200 re-expressing cells grown in 2D culture and following intramammary injection. Interestingly, the in vivo environment dramatically altered the gene repertoire regulated by the miR-200s. Hierarchical clustering revealed that alterations in gene expression induced by miR-200 re-expression in vitro poorly correlated with the alterations in gene expression induced by miR-200 in vivo. Since miR-200 re-expression significantly decreased tumor growth in vivo, a transgenic model was used to determine whether miR-200s could also impact tumor initiation. Using doxycycline-inducible miR-200 expression in combination with the mammary tumor oncogene, IGF-IR, we found that overexpression of the miR-200b/200a/429 cluster dramatically reduced mammary tumor incidence (100% vs. 19%). These data show the potent impact miR-200s have on mammary tumorigenesis and that gene expression profiling of 2D cultures is a poor predictor of genes regulated by miR-200s in vivo. Citation Format: Katrina L. Watson, Kaitlyn Simpson, Majesta Roth, Courtney Martin, Garret Conquer-Van Heumen, Roger A. Moorehead. Modeling the impact of miR-200s on mammary tumor initiation and progression in vitro and in vivo [abstract]. In: Proceedings of the AACR Special Conference on the Evolving Landscape of Cancer Modeling; 2020 Mar 2-5; San Diego, CA. Philadelphia (PA): AACR; Cancer Res 2020;80(11 Suppl):Abstract nr B27.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».