Purifying Selection in Human Immunodeficiency Virus-1 <i>pol</i> Gene in Perinatally Human Immunodeficiency Virus-1-Infected Children Harboring Discordant Immunological Response and Virological Nonresponse to Long-Term Antiretroviral Therapy
Notice bibliographique
Résumé
Background: Biological monitoring of antiretroviral treatment (ART) in human immunodeficiency virus (HIV)-infected pediatric population remains challenging. The aim of the present study was to assess the long-term HIV-1 genetic diversity in pol gene in HIV-1-infected children in virological failure under antiretroviral regimen adapted according to the successive World Health Organization (WHO) guidelines for resource-constrained settings. Methods: HIV-1 diversity in pol gene was assessed in HIV-1-infected children and adolescents born from HIV-infected mothers (median age at follow-up: 13.8 years) in virological failure (VF + ) despite long-term regimen recommended by the WHO. The numbers of nonsynonymous substitutions per potential nonsynonymous site (dN) and of synonymous substitutions at potential synonymous sites (dS) in HIV-1 pol gene and the dN/dS ratios were used to estimate the selective pressure on circulating HIV-1. Results: The immunological responses to ART basically corresponded to: 1) Full therapeutic failure with immunological (I - ) and virological nonresponses in one-quarter (24.6%) of study children ((I - , VF + ) subgroup); 2) Discordant immunovirological responses with paradoxical high CD4 T cell counts (I + ) and high HIV-1 RNA load in the remaining cohort patients (75.4%) ((I + , VF + ) subgroup). The mean dS was 1.8-fold higher in (I + , VF + ) than (I - , VF + ) subgroup (25.9 ± 18.4 vs. 14.3 ± 10.8). In the (I + , VF + ) subgroup, the mean dS was 1.6-fold higher than the mean dN. Finally, the mean dN/dS ratio was 2.1-fold lower in (I + , VF + ) than (I - , VF + ) subgroup (0.6 ± 0.3 vs. 1.3 ± 0.7), indicating purifying selection in the immunovirological discordant (I + , VF + ) subgroup and positive selection in the immunovirological failure (I - , VF + ) subgroup. Conclusions: Children and adolescents in immunovirological therapeutic failure harbor positive selection of HIV-1 strains favoring diversifying in pol -encoded amino acids. In contrast, children with persistent discordant immunovirological responses show accumulation of mutations and purifying selection in pol gene sequences, indicating limited genetic evolution and likely suggesting genetic adaptation of viruses to host functional constraints. J Clin Med Res. 2020;12(6):369-376 doi: https://doi.org/10.14740/jocmr4157
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».