Pratiques exemplaires du Réseau des laboratoires de santé publique du Canada relativement à la COVID-19
Notice bibliographique
Résumé
La capacité de détecter le coronavirus du syndrome respiratoire aigu sévère 2 (SRAS-CoV-2), l’agent étiologique de la COVID-19, est un élément fondamental des stratégies de contrôle et d’atténuation du Canada. La confirmation en laboratoire des cas de COVID-19 permet de prendre les mesures d’intervention appropriées en termes de traitement clinique et de santé publique. Le fait que l’objectif local est le contrôle ou l’atténuation dépend de l’épidémiologie locale de la pandémie. Le groupe de travail sur les infections virales respiratoires du Réseau des laboratoires de santé publique du Canada a mis au point des lignes directrices détaillées sur les pratiques exemplaires visant la détection du SRAS-CoV-2. Les pratiques exemplaires pour les prélèvements, le transport, le dépistage et la biosécurité sont abordées du point de vue des laboratoires de santé publique canadiens afin d’assurer une approche uniforme partout au pays : 1. Des tests de dépistage de COVID-19 basés sur une population devraient être effectués au départ à des fins de surveillance 2. Le prélèvement d’un écouvillon rhinopharyngé est l’échantillon de choix pour les tests de routine 3. Les tests d’amplification des acides nucléiques (comme la réaction en chaîne de la polymérase après transcription inverse en temps réel) sont la méthode privilégiée pour les tests de routine du SRAS-CoV-2 4. Il faut encourager la décentralisation des tests d’amplification des acides nucléiques pour la COVID-19 vers les hôpitaux ou d’autres laboratoires médicaux de complexité élevée pour accroître la capacité d’effectuer les tests et répondre aux demandes croissantes 5. Dans les stades précoces de la pandémie, les tests positifs (environ 10 à 20) et négatifs (environ 50) par un laboratoire provincial doivent être confirmés au Laboratoire national de microbiologie 6. Il faut surveiller la co-circulation d’autres agents viraux associée aux maladies de type grippal (p. ex. le virus de la grippe A et B et le virus respiratoire syncytial) comme la capacité le permet, dans le cadre de la surveillance continue 7. Après avoir obtenu la validation, les tests sérologiques peuvent servir à évaluer la présence ou l’absence de réaction immunitaire au SRAS-CoV-2 soit au niveau de la population, soit au niveau individuel pour certaines indications, mais ceux-ci seront probablement peu utiles pour établir un diagnostic de la forme grave du COVID-19 Ces recommandations seront mises à jour à mesure que de nouveaux renseignements sont disponibles.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,003 | 0,010 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,005 | 0,002 |
| Communication savante | 0,002 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,002 | 0,002 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,002 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,007 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».