Ethical challenges in pathogen sequencing: a systematic scoping review
Notice bibliographique
Résumé
Background : Going forward, the routine implementation of genomic surveillance activities and outbreak investigation is to be expected. We sought to systematically identify the emerging ethical challenges; and to systematically assess the gaps in ethical frameworks or thinking and identify where further work is needed to solve practical challenges. Methods : We systematically searched indexed academic literature from PubMed, Google Scholar, and Web of Science from 2000 to April 2019 for peer-reviewed articles that substantively engaged in discussion of ethical issues in the use of pathogen genome sequencing technologies for diagnostic, surveillance and outbreak investigation. Results : 28 articles were identified; nine United States, five United Kingdom, five The Netherlands, three Canada, two Switzerland, one Australia, two South Africa, and one Italy. Eight articles were specifically about the use of sequencing in HIV. Eleven were not specific to a particular disease. Results were organized into four themes: tensions between public and private interests; difficulties with translation from research to clinical and public health practice; the importance of community trust and support; equity and global partnerships; and the importance of context. Conclusion : While pathogen sequencing has the potential to be transformative for public health, there are a number of key ethical issues that must be addressed, particularly around the conditions of use for pathogen sequence data. Ethical standards should be informed by public values, and further empirical work investigating stakeholders’ views are required. Development in the field should also be under-pinned by a strong commitment to values of justice, in particular global health equity.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,142 | 0,414 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,002 | 0,003 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,007 | 0,006 |
| Bibliométrie | 0,034 | 0,029 |
| Études des sciences et des technologies | 0,004 | 0,005 |
| Communication savante | 0,010 | 0,014 |
| Science ouverte | 0,004 | 0,007 |
| Intégrité de la recherche | 0,008 | 0,005 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,004 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».