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Enregistrement W3033827787 · doi:10.1038/s41598-020-65973-3

Identification of two aptamers binding to Legionella pneumophila with high affinity and specificity

2020· article· en· W3033827787 sur OpenAlexafffund
Mariam Saad, Deanna Chinerman, Maryam Tabrizian, Sébastien P. Faucher

Notice bibliographique

RevueScientific Reports · 2020
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueLegionella and Acanthamoeba research
Établissements canadiensUniversité de MontréalMcGill University
Organismes subventionnairesFonds de recherche du Québec – Nature et technologiesNatural Sciences and Engineering Research Council of CanadaGovernment of CanadaMcGill University
Mots-clésAptamerSystematic evolution of ligands by exponential enrichmentLegionella pneumophilaBiosensorOligonucleotideComputational biologyLegionellaChemistryBiologyMicrobiologyMolecular biologyBacteriaBiochemistryRNADNAGeneticsGene

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Abstract Legionella pneumophila ( Lp ) is a water borne bacterium causing Legionnaires’ Disease (LD) in humans. Rapid detection of Lp in water system is essential to reduce the risk of LD outbreaks. The methods currently available require expert skills and are time intensive, thus delaying intervention. In situ detection of Lp by biosensor would allow rapid implementation of control strategies. To this end, a biorecognition element is required. Aptamers are considered promising biorecognition molecules for biosensing. Aptamers are short oligonucleotide sequence folding into a specific structure and are able to bind to specific molecules. Currently, no aptamer and thus no aptamer-based technology exists for the detection of Lp . In this study, Systemic Evolution of Ligands through EXponential enrichment (SELEX) was used to identify aptamers binding specifically to Lp . Ten rounds of positive selection and two rounds of counter-selection against two Pseudomonas species were performed. Two aptamers binding strongly to Lp were identified with K D of 116 and 135 nM. Binding specificity of these two aptamers to Lp was confirmed by flow cytometry and fluorescence microscopy. Therefore, these two aptamers are promising biorecognition molecules for the detection of Lp in water systems.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,005
Score d'incertitude au seuil0,379

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,020
Tête enseignante GPT0,267
Écart entre enseignants0,248 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations23
Publié2020
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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