Identification of novel regions of genomic copy number alteration in mantle cell lymphoma by array comparative genomic hybridization to a 97,299 element whole genome DNA array
Notice bibliographique
Résumé
1698 Introduction: Mantle cell lymphoma (MCL) is an aggressive non-Hodgkin’s lymphoma that is incurable with current chemotherapeutic approaches and has a median survival of approximately 3 years. MCL is uniquely characterized by a t(11;14) translocation involving the IGH and BCL1 loci, resulting in over expression of Cyclin D1 and deregulated cell cycle control. However this translocation alone can not initiate lymphomagenesis and multiple secondary genomic alterations have been reported. Hypotheses: MCL pathogenesis occurs via multiple genomic alterations and the critical alterations will be present in multiple patients and detectable in MCL cell lines. Objective: Alignment of high resolution genomic profiles from multiple MCL cell lines will reveal minimal regions of alteration important in the pathogenesis of MCL. Experimental Approach: Comparative genomic hybridization (CGH) is a technique used to determine regional DNA copy number changes across an entire genome. However, conventional CGH’s resolution is limited to 10-20 Mb. A recent advancement in CGH is to improve resolution by changing the target metaphase chromosomal DNA to discrete segments of DNA spotted as a microarray. This results in resolution that is dependent on the size and spacing of the selected segments as opposed to identifying chromosomal bands on metaphase chromosomes. Currently, the whole genome has been arrayed as 32,433 bacterial artificial chromosome (BAC) derived amplified fragment pools spotted in triplicate (97,299 elements) resulting in an effective resolution of ∼0.08 Mb with complete coverage of the sequenced human genome. Results: This whole genome array was used to generate high resolution segmental copy number profiles of seven MCL cell lines (Granta-519, HBL-2, NCEB-1, Rec-1, SP49, UPN-1, and Z138C). Alignment of these profiles with the human genome map has resulted in the identification of multiple common regions of genomic alteration. These encompass both novel and previously reported regions. Conclusions: The generation of these high resolution segmental copy number profiles allows the identification of candidate genes involved in the pathogenesis of MCL as well as lead to an increased understanding of MCL. Acknowledgements: This work was supported by funds from Genome Canada/British Columbia. We would like to thank Chad Malloff and Spencer Watson for array CGH assistance and Susanne Grohmann for fluorescent in-situ hybridization.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».