1645-P: Polygenic Risk Score for Prediction of Complications in Men and Women with Type 2 Diabetes
Notice bibliographique
Résumé
Introduction: We assessed the performance of our newly developed polygenic risk score (PRS) to predict microvascular and macrovascular complications of type 2 diabetes (T2D) in men and women. The PRS is composed of 600 common genomic variants associated to diabetes, cardiovascular and renal diseases and their key risk factors selected from summary statistics of meta-analyses of published genome-wide association studies performed in over 1.2 million of individuals. The performance of the polygenic model was assessed by c-statistics in 4098 genotyped participants of European descent of the ADVANCE trial (46.4% women) followed during a period of five years. Methods: The logistic regression model that included the PRS adjusted for the principal component (PC1) of genetically determined ancestry, age at diagnosis and T2D duration, and treatment assignment, did not include any clinical or outcome data. Results: The discrimination between cases (having a specific complication) from controls (free of this complication) at entry in ADVANCE had AUCs for microvascular complications of 0.63 (0.60-0.65) in men and 0.66 (0.63-0.69) in women, sex differences p = 0.07. AUCs for macrovascular complications were 0.56 (0.54-0.58) in men and 0.57 (0.54-0.61) in women; p = 0.41. The AUCs for prediction of incident cases, defined as having an outcome during the ADVANCE trial (free of outcome at baseline) compared to controls that did not have a specific outcome at any time during the study, were for microvascular events 0.66 (0.63-0.70) in men and 0.71 (0.66-0.77) in women; p = 0.15. AUCs for macrovascular events were 0.65 (0.62-0.68) and 0.72 (0.68-0.76) respectively, p = 0.01. AUC for prediction of cardiovascular death occurring during the trial was 0.71 (0.67-0.75) in men and 0.77 (0.72-0.82) in women; p = 0.04. Conclusion: Our polygenic model demonstrated an overall better performance in women than in men and a better prediction capacity in individuals free of previous events in both sexes. Disclosure J. Tremblay: Research Support; Self; Servier. Stock/Shareholder; Self; OPTITHERA. R. Attaoua: None. M. Haloui: None. R. Tahir: None. C. Long: None. C. Hizel: None. J. Chalmers: None. S. Harrap: None. M. Woodward: Consultant; Self; Amgen, Kyowa Hakko Kirin Co., Ltd. P. Hamet: Research Support; Self; Servier. Stock/Shareholder; Self; OPTITHERA. Funding Genome Quebec; Canadian Institutes of Health Research; MEIE; CQDM; Opti Thera; Servier, Canada Research Chair in Predictive Genomics
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,005 | 0,012 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,002 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,004 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».