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Enregistrement W3034700374 · doi:10.1136/jmedgenet-2019-106756

<i>SETD1B</i>-associated neurodevelopmental disorder

2020· article· en· W3034700374 sur OpenAlexafffundabout
Alexandra Roston, Dan Evans, Harinder Gill, Margaret L. McKinnon, Bertrand Isidor, Benjamin Cogné, Jill Mwenifumbo, Clara van Karnebeek, Jianghong An, Steven J.M. Jones, Matthew J. Farrer, Michelle Demos, Mary Connolly, William T. Gibson

Notice bibliographique

RevueJournal of Medical Genetics · 2020
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueGenomics and Rare Diseases
Établissements canadiensCanada's Michael Smith Genome Sciences CentreB.C. Women's Hospital & Health CentreUniversity of British Columbia
Organismes subventionnairesCanadian Institutes of Health ResearchUniversity of British ColumbiaGenome British ColumbiaProvincial Health Services AuthorityBC Children's HospitalChildren's Hospital Foundation
Mots-clésExome sequencingIntellectual disabilityExomeNeurodevelopmental disorderAutism spectrum disorderMedicineBioinformaticsEpilepsyAutismGeneticsPhenotypeCohortGlobal developmental delayBiologyPsychiatryInternal medicineGene

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Background Dysfunction of histone methyltransferases and chromatin modifiers has been implicated in complex neurodevelopmental syndromes and cancers. SETD1B encodes a lysine-specific methyltransferase that assists in transcriptional activation of genes by depositing H3K4 methyl marks. Previous reports of patients with rare variants in SETD1B describe a distinctive phenotype that includes seizures, global developmental delay and intellectual disability. Methods Two of the patients described herein were identified via genome-wide and exome-wide testing, with microarray and research-based exome, through the CAUSES (Clinical Assessment of the Utility of Sequencing and Evaluation as a Service) Research Clinic at the University of British Columbia. The third Vancouver patient had clinical trio exome sequencing through Blueprint Genetics. The fourth patient underwent singleton exome sequencing in Nantes, with subsequent recruitment to this cohort through GeneMatcher. Results Here we present clinical reports of four patients with rare coding variants in SETD1B that demonstrate a shared phenotype, including intellectual disability, language delay, conserved musculoskeletal findings and seizures that may be treatment-refractory. We include supporting evidence from next-generation sequencing among a cohort of paediatric patients with epilepsy. Conclusion Rare coding variants in SETD1B can cause a diagnosable syndrome and could contribute as a risk factor for epilepsy, autism and other neurodevelopmental phenotypes. In the long term, some patients may also be at increased risk for cancers and other complex diseases. Thus, longitudinal studies are required to further elucidate the precise role of SETD1B in neurodevelopmental disorders and other systemic disease.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,001
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Sans objet · Signal consensuel: Sans objet
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,470
Score d'incertitude au seuil0,328

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,001
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,010
Tête enseignante GPT0,243
Écart entre enseignants0,233 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeSans objet
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations35
Publié2020
Routes d'admission3
Résumé présentoui

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