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Enregistrement W3035182494 · doi:10.48550/arxiv.2002.04461

TrajectoryNet: A Dynamic Optimal Transport Network for Modeling Cellular\n Dynamics

2020· preprint· W3035182494 sur OpenAlex

Pourquoi ce travail est dans la base

Une base qui oublie comment elle a trouvé un travail ne peut pas être vérifiée. Voici les voies qui ont admis celui-ci.

affAu moins un auteur déclare une institution canadienne dans l'instantané OpenAlex épinglé.

Notice bibliographique

RevuearXiv (Cornell University) · 2020
Typepreprint
Langue
DomaineEngineering
ThématiqueSlime Mold and Myxomycetes Research
Établissements canadiensUniversité de Montréal
Organismes subventionnairesNational Center for Advancing Translational SciencesNational Institute of General Medical Sciences
Mots-clésDynamics (music)Computer sciencePhysics

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

It is increasingly common to encounter data from dynamic processes captured\nby static cross-sectional measurements over time, particularly in biomedical\nsettings. Recent attempts to model individual trajectories from this data use\noptimal transport to create pairwise matchings between time points. However,\nthese methods cannot model continuous dynamics and non-linear paths that\nentities can take in these systems. To address this issue, we establish a link\nbetween continuous normalizing flows and dynamic optimal transport, that allows\nus to model the expected paths of points over time. Continuous normalizing\nflows are generally under constrained, as they are allowed to take an arbitrary\npath from the source to the target distribution. We present TrajectoryNet,\nwhich controls the continuous paths taken between distributions to produce\ndynamic optimal transport. We show how this is particularly applicable for\nstudying cellular dynamics in data from single-cell RNA sequencing (scRNA-seq)\ntechnologies, and that TrajectoryNet improves upon recently proposed static\noptimal transport-based models that can be used for interpolating cellular\ndistributions.\n

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesMéta-épidémiologie (sens strict), Intégrité de la recherche
Catégories consensuellesMéta-épidémiologie (sens strict)
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Simulation ou modélisation · Signal consensuel: Simulation ou modélisation
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: aucune
Score de désaccord entre enseignants0,603
Score d'incertitude au seuil1,000

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,002
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,001
Bibliométrie0,0000,001
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0020,001
Intégrité de la recherche0,0010,002
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,065
Tête enseignante GPT0,192
Écart entre enseignants0,126 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle