Abstract A07: Improved prognosis of HPV-positive oropharyngeal cancers is associated with a suppression of TGF-β-mediated immune evasion
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Among head and neck squamous carcinoma (HNSC), human papilloma virus (HPV)-driven tumors are known to enjoy more favorable prognostic outcomes compared to non-HPV-driven disease. This is especially true of HPV-positive oropharyngeal squamous cell carcinoma (OPSCC), which is associated with significantly improved outcomes compared to HPV-positive non-OPSCC and HPV-negative HNSC. Previous reports have suggested that increased immune infiltration and expression of the estrogen receptor α (ERα) may play a role in conferring improved prognosis to HPV-positive OPSCC. However, the underlying signaling pathways specifically driven by HPV in the oropharynx have remained elusive. Here we analyzed HPV-positive OPSCC and non-OPSCC tumors from The Cancer Genome Atlas (TCGA) and found that HPV-positive OPSCC is associated with significantly improved overall and disease-specific survival and progression-free interval compared to HPV-positive non-OPSCC. Among HPV-positive HNSC, we observed a distinct separation of OPSCC from non-OPSCC tumors based on unsupervised clustering of gene expression, microRNA, and methylation profiling data. Separation based on anatomic site was not observed among HPV-negative HNSC, suggesting that common biology drives the carcinogenesis of HPV-negative HNSC across subsites. In line with a recent report that ERα mRNA expression is elevated HPV-positive OPSCC, we found significantly higher ERα mRNA levels in HPV-positive OPSCC compared to HPV-positive non-OPSCC, where ERα mRNA expression mirrored that in HPV-negative HNSC. We also found that HPV induces downregulation of TGF-β signaling and extracellular matrix (ECM)-associated genes while upregulating a T-cell and dendritic cell-associated immune response signature in an OPSCC-specific manner. Our analyses suggest that HPV induces downregulation of TGF-β signaling and ECM components in OPSCC to improve immune access to these tumors, facilitating tumor clearance and improved patient survival. These findings are in line with our recent report establishing TGF-β-mediated immunosuppression through ECM deregulation and its negative effect on patient prognosis. Citation Format: Anthony Bolyos, Pinaki Bose. Improved prognosis of HPV-positive oropharyngeal cancers is associated with a suppression of TGF-β-mediated immune evasion [abstract]. In: Proceedings of the AACR-AHNS Head and Neck Cancer Conference: Optimizing Survival and Quality of Life through Basic, Clinical, and Translational Research; 2019 Apr 29-30; Austin, TX. Philadelphia (PA): AACR; Clin Cancer Res 2020;26(12_Suppl_2):Abstract nr A07.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».