Quality control for modern bone collagen stable carbon and nitrogen isotope measurements
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Isotopic analyses of collagen, the main protein preserved in subfossil bone and tooth, has long provided a powerful tool for the reconstruction of ancient diets and environments. Although isotopic studies of contemporary ecosystems have typically focused on more accessible tissues (e.g. muscle, hair), there is growing interest in the potential for analyses of collagen because it is often available in hard tissue archives (e.g. scales, skin, bone, tooth), allowing for enhanced long‐term retrospective studies. The quality of measurements of the stable carbon and nitrogen isotopic compositions of ancient samples is subject to robust and well‐established criteria for detection of contaminants and diagenesis. Among these quality control (QC) criteria, the most widely utilized is the atomic C:N ratio (C:N Atomic ), which for ancient samples has an acceptable range between 2.9 and 3.6. While this QC criterion was developed for ancient materials, it has increasingly being applied to collagen from modern tissues. Here, we use a large survey of published collagen amino acid compositions ( n = 436) from 193 vertebrate species as well as recent experimental isotopic evidence from 413 modern collagen extracts to demonstrate that the C:N Atomic range used for ancient samples is not suitable for assessing collagen quality of modern and archived historical samples. For modern tissues, collagen C:N Atomic falling outside 3.00–3.30 for fish and 3.00–3.28 for mammals and birds can produce systematically skewed isotopic compositions and may lead to significant interpretative errors. These findings are followed by a review of protocols for improving C:N Atomic criteria for modern collagen extracts. Given the tremendous conservation and environmental policy‐informing potential that retrospective isotopic analyses of collagen from contemporary and archived vertebrate tissues have for addressing pressing questions about long‐term environmental conditions and species behaviours, it is critical that QC criteria tailored to modern tissues are established.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,011 | 0,018 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,003 | 0,003 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,002 |
| Communication savante | 0,002 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».