Demographic history and genomics of local adaptation in blue tit populations
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Understanding the genomic processes underlying local adaptation is a central aim of modern evolutionary biology. This task requires identifying footprints of local selection but also estimating spatio‐temporal variations in population demography and variations in recombination rate and in diversity along the genome. Here, we investigated these parameters in blue tit populations inhabiting deciduous versus evergreen forests, and insular versus mainland areas, in the context of a previously described strong phenotypic differentiation. Neighboring population pairs of deciduous and evergreen habitats were weakly genetically differentiated ( F ST = 0.003 on average), nevertheless with a statistically significant effect of habitat type on the overall genetic structure. This low differentiation was consistent with the strong and long‐lasting gene flow between populations inferred by demographic modeling. In turn, insular and mainland populations were moderately differentiated ( F ST = 0.08 on average), in line with the inference of moderate ancestral migration, followed by isolation since the end of the last glaciation. Effective population sizes were large, yet smaller on the island than on the mainland. Weak and nonparallel footprints of divergent selection between deciduous and evergreen populations were consistent with their high connectivity and the probable polygenic nature of local adaptation in these habitats. In turn, stronger footprints of divergent selection were identified between long isolated insular versus mainland birds and were more often found in regions of low recombination, as expected from theory. Lastly, we identified a genomic inversion on the mainland, spanning 2.8 Mb. These results provide insights into the demographic history and genetic architecture of local adaptation in blue tit populations at multiple geographic scales.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».