Targeted integration by homologous recombination enables <i>in situ</i> tagging and replacement of genes in the marine microeukaryote <i>Diplonema papillatum</i>
Notice bibliographique
Résumé
Diplonemids are a group of highly diverse and abundant marine microeukaryotes that belong to the phylum Euglenozoa and form a sister clade to the well-studied, mostly parasitic kinetoplastids. Very little is known about the biology of diplonemids, as few species have been formally described and just one, Diplonema papillatum, has been studied to a decent extent at the molecular level. Following up on our previous results showing stable but random integration of delivered extraneous DNA, we demonstrate here homologous recombination in D. papillatum. Targeting various constructs to the intended position in the nuclear genome was successful when 5' and 3' homologous regions longer than 1 kbp were used, achieving N-terminal tagging with mCherry and gene replacement of α- and β-tubulins. For more convenient genetic manipulation, we designed a modular plasmid, pDP002, which bears a protein-A tag and used it to generate and express a C-terminally tagged mitoribosomal protein. Lastly, we developed an improved transformation protocol for broader applicability across laboratories. Our robust methodology allows the replacement, integration as well as endogenous tagging of D. papillatum genes, thus opening the door to functional studies in this species and establishing a basic toolkit for reverse genetics of diplonemids in general.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».