Understanding the Emergence of Multidrug-Resistant Candida: Using Whole-Genome Sequencing to Describe the Population Structure of Candida haemulonii Species Complex
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Notice bibliographique
Résumé
The recent emergence of a multidrug-resistant yeast, Candida auris, has drawn attention to the closely related species from the C. haemulonii complex that include C. haemulonii, C. duobushaemulonii, C. pseudohaemulonii and recently identified C. vulturna. Here, we used antifungal susceptibility testing and whole genome sequencing (WGS) to investigate drug resistance and genetic diversity among isolates of C. haemulonii complex from different geographic areas in order to assess population structure and the extent of clonality among strains. Although most isolates of all four species were genetically distinct, we detected evidence of the in-hospital transmission of C. haemulonii and C. duobushaemulonii in one hospital in Panama indicating that these species are also capable of causing outbreaks in healthcare settings. We also detected evidence of the rising azole resistance among isolates of C. haemulonii and C. duobushaemulonii in Venezuela, Colombia and Panama linked to substitutions in ERG11 gene, as well as amplification of this gene in C. haemulonii in isolates in Colombia suggesting the presence of evolutionary pressure for developing azole resistance in this region. Our results demonstrate that these species need to be monitored as possible causes of outbreaks of invasive infection.
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Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle