The role of introgression and ecotypic parallelism in delineating intraspecific conservation units
Notice bibliographique
Résumé
Parallel evolution can occur through selection on novel mutations, standing genetic variation or adaptive introgression. Uncovering parallelism and introgressed populations can complicate management of threatened species as parallelism may have influenced conservation unit designations and admixed populations are not generally considered under legislations. We examined high coverage whole-genome sequences of 30 caribou (Rangifer tarandus) from across North America and Greenland, representing divergent intraspecific lineages, to investigate parallelism and levels of introgression contributing to the formation of ecotypes. Caribou are split into four subspecies and 11 extant conservation units, known as designatable units (DUs), in Canada. Using genomes from all four subspecies and six DUs, we undertake demographic reconstruction and confirm two previously inferred instances of parallel evolution in the woodland subspecies and uncover an additional instance of parallelism of the eastern migratory ecotype. Detailed investigations reveal introgression in the woodland subspecies, with introgressed regions found spread throughout the genomes encompassing both neutral and functional sites. Our investigations using whole genomes highlight the difficulties in unequivocally demonstrating parallelism through adaptive introgression in nonmodel species with complex demographic histories, with standing variation and introgression both potentially involved. Additionally, the impact of parallelism and introgression on conservation policy for management units needs to be considered in general, and the caribou designations will need amending in light of our results. Uncovering and decoupling parallelism and differential patterns of introgression will become prevalent with the availability of comprehensive genomic data from nonmodel species, and we highlight the need to incorporate this into conservation unit designations.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,003 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».