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Enregistrement W3035947793 · doi:10.1101/2020.06.22.163899

Composite modeling of leaf shape across shoots discriminates <i>Vitis</i> species better than individual leaves

2020· preprint· en· W3035947793 sur OpenAlexaff
Abigail E. Bryson, Maya Wilson Brown, Joey Mullins, Wei Dong, Keivan Bahmani, Nolan Bornowski, Christina Chiu, Philip Engelgau, Bethany Gettings, Fabio Gómez-Cano, Luke M. Gregory, Anna Haber, Donghee Hoh, Emily E. Jennings, Zhongjie Ji, Prabhjot Kaur, Sunil K. Kenchanmane Raju, Y. F. Long, Serena Lotreck, Davis Mathieu, Thilanka Ranaweera, Eleanore J. Ritter, Rie Sadohara, Robert Z. Shrote, Kaila Smith, Scott J. Teresi, Julian Venegas, Hao Wang, McKena Lipham Wilson, Alyssa R. Tarrant, Margaret H. Frank, Zoë Migicovsky, Jyothi Kumar, Robert VanBuren, Jason P. Londo, Daniel H. Chitwood

Notice bibliographique

RevuebioRxiv (Cold Spring Harbor Laboratory) · 2020
Typepreprint
Langueen
DomaineAgricultural and Biological Sciences
ThématiqueHorticultural and Viticultural Research
Établissements canadiensDalhousie University
Organismes subventionnairesCollege of Engineering, Michigan State UniversityMichigan State UniversityU.S. Department of AgricultureNational Institute of Food and AgricultureNational Science Foundation
Mots-clésShootBiologyBotanyComposite numberHorticultureMorphology (biology)MathematicsAlgorithm

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

ABSTRACT Premise of study Leaf morphology is dynamic, continuously deforming during leaf expansion and among leaves within a shoot. We measured leaf morphology from over 200 vines over four years, and modeled changes in leaf shape along the shoot to determine if a composite “shape of shapes” can better capture variation and predict species identity compared to individual leaves. Methods Using homologous universal landmarks found in grapevine leaves, we modeled various morphological features as a polynomial function of leaf node. The resulting functions are used to reconstruct modeled leaf shapes across shoots, generating composite leaves that comprehensively capture the spectrum of possible leaf morphologies. Results We found that composite leaves are better predictors of species identity than individual leaves from the same plant. We were able to use composite leaves to predict species identity of previously unassigned vines, which were verified with genotyping. Discussion Observations of individual leaf shape fail to capture the true diversity between species. Composite leaf shape—an assemblage of modeled leaf snapshots across the shoot—is a better representation of the dynamic and essential shapes of leaves, as well as serving as a better predictor of species identity than individual leaves.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesMéta-épidémiologie (sens strict)
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,497
Score d'incertitude au seuil1,000

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,000
Bibliométrie0,0000,001
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0010,000
Science ouverte0,0010,002
Intégrité de la recherche0,0010,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,059
Tête enseignante GPT0,260
Écart entre enseignants0,201 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations1
Publié2020
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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