Novel Associations Between Genome‐Wide Single Nucleotide Polymorphisms and MR Enterography Features in Crohn's Disease Patients
Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND: Patient genetic polymorphism is associated with Crohn's clinical behavior; however, its association with magnetic resonance enterography (MRE) imaging appearance is not known. PURPOSE: To analyze a set of known Crohn's disease (CD)-related single nucleotide polymorphisms for associations with MRE imaging phenotype and frequency of imaging. STUDY TYPE: Retrospective. POPULATION: 54 patients (mean age 40 years; 32 females and 22 males) with established CD from 2009 to 2016 who underwent baseline MRE and genetic testing for the presence of 168 single nucleotide polymorphisms (SNPs) potentially associated with inflammatory bowel disease. FIELD STRENGTH/SEQUENCE: -weighted fat-suppressed pre- and postcontrast imaging. ASSESSMENT: Three readers (all body imaging fellowship-trained radiologists) independently evaluated all imaging for the presence or absence of active disease and penetrating complications. Date of onset and frequency of endoscopies and cross-sectional imaging (CSI) were recorded. Disease behavior and distribution were categorized according to the Vienna and Montreal classifications, respectively. STATISTICAL TESTS: Student's t-test and Fisher's exact test were used to assess significance of continuous and categorical variables, respectively. A hidden Markov model statistical knockoff approach was also applied for the analysis of genetic-imaging associations, with corrected P < 0.05 considered significant. RESULTS: MRE demonstrated active bowel inflammation in 42 (78%) patients, strictures in 13 (28%), and fistulae in 13 (28%). The SNP rs1292053 (RBS6KB1) was highly associated with small bowel inflammation and luminal narrowing, with observed frequencies of association 0.66 and 0.39, respectively (P = 0.001). rs6062504 (Decoy receptor 3) was associated with lower age of onset (P = 0.012), higher proportion of early disease onset patients (P = 0.012), and higher average number of CSI/year (P = 0.014). DATA CONCLUSION: This study demonstrated significant associations between CD genotype and MRE phenotype and frequency of cross-sectional imaging. LEVEL OF EVIDENCE: 3 TECHNICAL EFFICACY STAGE: 2.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».