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Enregistrement W3036292274 · doi:10.1038/s41467-020-16783-8

Non-cooperative 4E-BP2 folding with exchange between eIF4E-binding and binding-incompatible states tunes cap-dependent translation inhibition

2020· article· en· W3036292274 sur OpenAlexafffund
Jennifer E. Dawson, Alaji Bah, Zhenfu Zhang, Robert M. Vernon, Hong Lin, P. Andrew Chong, Manasvi Vanama, Nahum Sonenberg, Claudiu C. Gradinaru, Julie D. Forman‐Kay

Notice bibliographique

RevueNature Communications · 2020
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiquePI3K/AKT/mTOR signaling in cancer
Établissements canadiensSickKids FoundationMcGill UniversityMcGill University Health CentreUniversity of TorontoHospital for Sick Children
Organismes subventionnairesCIHR Skin Research Training CentreNational Institute of General Medical SciencesNatural Sciences and Engineering Research Council of CanadaUniversity of TorontoCanadian Network for Research and Innovation in Machining Technology, Natural Sciences and Engineering Research Council of CanadaCanadian Institutes of Health ResearchHospital for Sick ChildrenGovernment of Canada
Mots-clésEIF4EEIF4GBiophysicsPhosphorylationEukaryotic translationChemistryFolding (DSP implementation)Binding siteTranslation (biology)CrystallographyBiochemistryBiologyMessenger RNA

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Phosphorylation of intrinsically disordered eIF4E binding proteins (4E-BPs) regulates cap-dependent translation by weakening their ability to compete with eIF4G for eIF4E binding within the translation initiation complex. We previously showed that phosphorylation of T37 and T46 in 4E-BP2 induces folding of a four-stranded beta-fold domain, partially sequestering the canonical eIF4E-binding helix. The C-terminal intrinsically disordered region (C-IDR), remaining disordered after phosphorylation, contains the secondary eIF4E-binding site and three other phospho-sites, whose mechanisms in inhibiting binding are not understood. Here we report that the domain is non-cooperatively folded, with exchange between beta strands and helical conformations. C-IDR phosphorylation shifts the conformational equilibrium, controlling access to eIF4E binding sites. The hairpin turns formed by pT37/pT46 are remarkably stable and function as transplantable units for phospho-regulation of stability. These results demonstrate how non-cooperative folding and conformational exchange leads to graded inhibition of 4E-BP2:eIF4E binding, shifting 4E-BP2 into an eIF4E binding-incompatible conformation and regulating translation initiation.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,001
Score d'incertitude au seuil0,003

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,032
Tête enseignante GPT0,298
Écart entre enseignants0,265 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations30
Publié2020
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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