Expression pattern of endogenous PAR-4A & C after CRISPR/Cas9-mediated genome editing
Notice bibliographique
Résumé
PAR-4/LKB1 is maternally expressed and required for the asymmetrical distribution of early embryonic determinants and viability in C. elegans (Morton et al. 1992; Watts et al. 2000; Tenlen et al. 2008). It is also implicated in a variety of postembryonic processes, including germline stem cell quiescence (Narbonne and Roy 2006; Narbonne et al. 2017), neuronal growth and polarity (Kim et al. 2010; Teichmann and Shen 2011), cytoskeletal rearrangements (Narbonne et al. 2010; Chartier et al. 2011), and metabolism (Narbonne and Roy 2009). Its expression pattern and subcellular localization has been determined in fixed animals by antibody staining (Watts et al. 2000). Here, we used CRISPR/Cas9-mediated genome editing to fluorescently label the two longest endogenous PAR-4 isoforms, PAR-4A and PAR-4C, with monomeric Neon Green (mNG) (Shaner et al. 2013), using the self-excising cassette (SEC) system (Dickinson et al. 2015) (Fig. 1A). We found ubiquitous mNG::par-4a & c expression and cytoplasmic and cortical enrichment of mNG::PAR-4A & C proteins in the germ line and early embryos (Fig. 1B-H), as previously described (Watts et al. 2000). Interestingly, we find that mNG::PAR-4A & C cortical enrichment is transiently lost in the pachytene area of the germ line (Fig. 1F), although it remains unclear whether this is functionally relevant. The intermediate strain that still contains the SEC (Dickinson et al. 2015) is predicted to be null for par-4a & c, potentially leaving the shorter par-4b isoform functional. To evaluate the requirement for par-4a & c we examined the embryonic lethality (at 25°C) of the generated SEC-containing and SEC-excised strains. We found that the self-progeny of homozygous SEC-containing (e.g. par-4a & c null) animals is viable (Fig. 1H). This suggests that par-4b alone is sufficient to establish embryonic polarity and sustain the essential function of par-4. Consistent with this, to our knowledge, all existing par-4 alleles that impair embryonic development disrupt par-4b (Morton et al. 1992; Watts et al. 2000).
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,002 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».