Abstract A07: Sequential ctDNA analysis detected preclinical relapse in patients with metastatic colorectal cancer from the Exactis trial (NCT00984048)
Notice bibliographique
Résumé
Abstract The Exactis trial (NCT00984048), assessed plasma circulating-tumor DNA (ctDNA) mutations and whether they correlated with their relative levels in metastatic tumor biopsies in 50 mCRC enrolled patients undergoing first-line treatment. Exactis is a Canadian National Centre of Excellence in Personalized Medicine and clinical trials. Two-hundred and twenty-two plasma ctDNA samples collected at baseline, on treatment, and at time of clinical resistance (median 4 samples per patient) were sequenced and analyzed using the Contextual Genomics FOLLOW ITTM assay with QUALITY NEXUSTM bioinformatics analytical pipeline. This panel assesses hotspot mutations and frequently mutated regions in 30 commonly mutated cancer genes. Patient overall objective response was based on RECIST v1.0 criteria. We detected ctDNA mutations in at least one plasma timepoint in 92% (46/50) of patients and in multiple timepoints in 76% (38/50), including mutations in KRAS or NRAS (52%), PIK3CA (26%), BRAF (6%), and TP53 (74%). In 3 of the 4 patients with no detectable mutations, exome sequencing of the tumor revealed no mutations covered by the ctDNA assay. The other had both a KRAS and PIK3CA mutation in the tumor data; both were present in the FOLLOW ITTM sequencing data but were below the clinically validated threshold for the assay. Of interest, 8 out of 26 patients with ctDNA KRAS mutations detected (31%) had a G12D or G12C variant, which may have implications for new targeted therapeutics. We also observed a trend toward enrichment of KRAS/NRAS mutations in nonresponder (NR) compared to responder (R) patients (16/23 NR versus 10/23 R, p=0.07, Chi-square test). Furthermore, the occurrence of PIK3CA alone or in combination with KRAS mutations was significantly higher in the NR patients (10/23 NR versus 3/23 R p=0.02; and 8/23 NR versus 1/23 R p=0.0092, Chi-square test). Within the NR patient population, we found that 17 out of 23 (74%) patients harbored detectable ctDNA mutations preceding progression detection based on CT scan imaging, highlighting the potential of liquid biopsies to monitor disease progression in mCRC. Our study showed that the FOLLOW ITTM assay is capable of detecting mutations in CRC driver genes using liquid biopsy within a clinical trial setting. The identification of plasma ctDNA mutations in this context could allow for re-evaluation and potential change in management before clinical or CT scan detected relapse has occurred. In addition, the detection of ctDNA PIK3CA and KRAS mutations enrichment in the NR population warrants further validation and investigation for its clinical utility for patient stratification. Citation Format: Melissa K. McConechy, Suzan McNamara, Mathilde Couetoux du Tertre, Karen Gambaro, Maud Marques, Salem Malikic, Ka Mun Nip, Sonal Brahmbhatt, Adrian Kense, Kevin Tam, Rosalia Aguirre Hernandez, Ruth Miller, Madeline Couse, Jas Khattra, David G. Huntsman, Gerald Batist. Sequential ctDNA analysis detected preclinical relapse in patients with metastatic colorectal cancer from the Exactis trial (NCT00984048) [abstract]. In: Proceedings of the AACR Special Conference on Advances in Liquid Biopsies; Jan 13-16, 2020; Miami, FL. Philadelphia (PA): AACR; Clin Cancer Res 2020;26(11_Suppl):Abstract nr A07.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,003 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,005 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».