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Enregistrement W3036499860 · doi:10.1101/2020.06.23.167478

Recalcitrance of <i>Cannabis sativa</i> to <i>de novo</i> regeneration; a multi-genotype replication study

2020· preprint· en· W3036499860 sur OpenAlexaff
Adrian S. Monthony, Sean T. Kyne, Christopher M. Grainger, A. Maxwell P. Jones

Notice bibliographique

RevuebioRxiv (Cold Spring Harbor Laboratory) · 2020
Typepreprint
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiquePlant tissue culture and regeneration
Établissements canadiensUniversity of Guelph
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésExplant cultureCallusBiologyRegeneration (biology)CultivarShootGenotypeHorticultureBotanyBiotechnologyCell biologyGeneticsIn vitroGene

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

1 Abstract Cannabis sativa is relatively recalcitrant to regeneration from somatic tissues, but several reports have been published demonstrating a response. Most reports show low levels of regeneration from somatic tissues, but a landmark publication by Lata et al . in 2010 reported regeneration from leaf explants with a 96% response rate, producing an average of 12.3 shoots per explant in a single, high-THC genotype. Despite the importance regeneration plays in plant biotechnology this protocol has not been used in subsequent papers in the decade since it was published, raising the concern that it is not reproducible. Many researchers are looking to build research programmes in this growing field, and it is important that the reproducibility and robustness of single-genotype C. sativa regeneration protocols undergo multi-lab validations to ensure they are reproducible across the species. Replication studies in this burgeoning field will help research groups avoid lost time and resources which arise from pursuing protocols that are not reproducible. Here we test the replicability of this protocol across 10 drug-type C. sativa genotypes. This protocol successfully induced callus in all 10 genotypes. Callus size and appearance substantially differed among cultivars, with the most responsive genotype producing 6-fold more callus than the least responsive genotype. However, the most successful shoot induction medium developed in the 2010 paper failed to induce regeneration in any of the cultivars tested, resulting in the eventual necrosis of the calli. Based on this replication study, it is evident that the existing regeneration protocol is not robust and could not be replicated in any of the 10 genotypes tested.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Étiquettes directes de modèles (non validées)

Étiquettes de catégorie et de devis d'étude par modèle, issues des rondes d'étiquetage. C'est une sortie machine, non validée, et le désaccord entre modèles est livré comme donnée. Aucun devis ici n'est encore validé contre MEDLINE.

BrasCatégoriesDevis d'étudeConfiance
gemmaaucune catégorie
Domaine: non disponible · Genre: Empirique
Porte sur le système de recherche canadien: non · Porte sur un sujet canadien: non
Expérimental (laboratoire)low
gptaucune catégorie
Domaine: non disponible · Genre: Empirique
Porte sur le système de recherche canadien: non · Porte sur un sujet canadien: non
Expérimental (laboratoire)low
modèles en accordL'accord compare des ensembles de catégories et des devis identiques entre les bras.

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,004
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,004
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,004
Score d'incertitude au seuil0,021

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0040,004
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,002
Bibliométrie0,0010,000
Études des sciences et des technologies0,0010,001
Communication savante0,0010,001
Science ouverte0,0010,001
Intégrité de la recherche0,0010,003
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0020,001

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,020
Tête enseignante GPT0,253
Écart entre enseignants0,233 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Étiqueté directement par 2 modèles lisant le dossier complet.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations8
Publié2020
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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