Diversification of mammalian deltaviruses by host shifting
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Hepatitis delta virus (HDV) is an unusual RNA agent that replicates using host machinery but exploits hepatitis B virus (HBV) to mobilize its spread within and between hosts. In doing so, HDV enhances the virulence of HBV. How this seemingly improbable hyper-parasitic lifestyle emerged is unknown, but underpins the likelihood that HDV and related deltaviruses may alter other host-virus interactions. Here, we show that deltaviruses diversify by transmitting between mammalian species. Among 96,695 RNA sequence datasets, deltaviruses infected bats, rodents and an artiodactyl from the Americas, but were absent from geographically overrepresented Old World representatives of each mammalian order, suggesting a relatively recent diversification within the Americas. Consistent with diversification by host shifting, both bat and rodent-infecting deltaviruses were paraphyletic and co-evolutionary modeling rejected co-speciation with mammalian hosts. In addition, a two-year field study showed common vampire bats in Peru were infected by two divergent deltaviruses, indicating multiple introductions to a single host species. One vampire bat-associated deltavirus was detected in the saliva of up to 35% of individuals, formed phylogeographically compartmentalized clades, and infected a sympatric bat, illustrating horizontal transmission within and between species on ecological timescales. Consistent absence of HBV-like viruses in two deltavirus-infected bat species indicated acquisitions of novel viral associations during the divergence of bat and human-infecting deltaviruses. Our analyses support an American zoonotic origin of HDV and reveal prospects for future cross-species emergence of deltaviruses. Given their peculiar life history, deltavirus host shifts will have different constraints and disease outcomes compared to ordinary animal pathogens. Significance Statement Satellites are virus-like agents which require both a host and a virus to complete their life cycle. The only human-infecting satellite is hepatitis delta virus (HDV), which exacerbates liver disease in patients co-infected with hepatitis B virus (HBV). How HDV originated is a longstanding evolutionary puzzle. Using terabase-scale data mining, co-evolutionary analyses, and field studies in bats, we show that deltaviruses can jump between highly divergent host species. Our results further suggest that the contemporary association between HDV and HBV likely arose following zoonotic transmission from a yet undiscovered animal reservoir in the Americas. Plastic host and virus associations open prospects that deltaviruses might alter the virulence of multiple viruses in multiple host species.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».