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Enregistrement W3036669094 · doi:10.1200/cci.20.00025

Development of a Data Model and Data Commons for Germ Cell Tumors

2020· article· en· W3036669094 sur OpenAlex

Pourquoi ce travail est dans la base

Une base qui oublie comment elle a trouvé un travail ne peut pas être vérifiée. Voici les voies qui ont admis celui-ci.

affAu moins un auteur déclare une institution canadienne dans l'instantané OpenAlex épinglé.

Notice bibliographique

RevueJCO Clinical Cancer Informatics · 2020
Typearticle
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueTesticular diseases and treatments
Établissements canadiensSickKids FoundationHospital for Sick ChildrenUniversity of Toronto
Organismes subventionnairesNational Institute of General Medical SciencesNational Cancer Institute
Mots-clésData sharingTerminologyComputer scienceClinical trialData scienceData collectionMedicinePathologyAlternative medicine

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Germ cell tumors (GCTs) are considered a rare disease but are the most common solid tumors in adolescents and young adults, accounting for 15% of all malignancies in this age group. The rarity of GCTs in some groups, particularly children, has impeded progress in treatment and biologic understanding. The most effective GCT research will result from the interrogation of data sets from historical and prospective trials across institutions. However, inconsistent use of terminology among groups, different sample-labeling rules, and lack of data standards have hampered researchers' efforts in data sharing and across-study validation. To overcome the low interoperability of data and facilitate future clinical trials, we worked with the Malignant Germ Cell International Consortium (MaGIC) and developed a GCT clinical data model as a uniform standard to curate and harmonize GCT data sets. This data model will also be the standard for prospective data collection in future trials. Using the GCT data model, we developed a GCT data commons with data sets from both MaGIC and public domains as an integrated research platform. The commons supports functions, such as data query, management, sharing, visualization, and analysis of the harmonized data, as well as patient cohort discovery. This GCT data commons will facilitate future collaborative research to advance the biologic understanding and treatment of GCTs. Moreover, the framework of the GCT data model and data commons will provide insights for other rare disease research communities into developing similar collaborative research platforms.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Simulation ou modélisation · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,937
Score d'incertitude au seuil0,320

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,001
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,430
Tête enseignante GPT0,491
Écart entre enseignants0,061 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle