High resolution genome-wide occupancy in <i>Candida spp</i> . using ChEC-seq
Notice bibliographique
Résumé
Abstract To persist in their hostile and dynamic human host environments, fungal pathogens has to sense and adapt by modulating their gene expression to fulfil their cellular needs. Understanding transcriptional regulation on a global scale would uncover cellular processes linked to persistence and virulence mechanisms that could be targeted for antifungal therapeutics. Infections associated with the yeast Candida albicans , a highly prevalent fungal pathogen, and the multi-resistant related species C. auris are becoming a serious public health threat. To define the set of a gene regulated by a transcriptional regulator in C. albicans , Chromatin Immuno-Precipitation (ChIP) based techniques including ChIP-chip or ChIP-seq has been widely used. Here, we describe a new set of PCR-based MNase-tagging plasmids for C. albicans and other Candida spp . to determine genome-wide location of any transcriptional regulator of interest using Chromatin endogenous cleavage (ChEC) coupled to high-throughput sequencing (ChEC-seq). The ChEC procedure does not require protein-DNA crosslinking or sonication avoiding thus artefacts related to epitope masking or the hyper-ChIPable euchromatic phenomenon. In a proof-of-concept application of ChEC-seq, we provided a high-resolution binding map of the SWI/SNF chromatin remodeling complex, a master regulator of fungal fitness in C. albicans in addition to the transcription factor NsiI that is an ortholog of the DNA-binding protein Reb1 for which genome-wide occupancy were previously established in Saccharomyces cerevisiae . The ChEC-seq procedure described here will allow a high-resolution genomic location definition which will enable a better understanding of transcriptional regulatory circuits that govern fungal fitness and drug resistance in these medically important fungi. Importance Systemic fungal infections caused by Candida albicans and the ‘superbug’ C. auris are becoming a serious public health threat. The ability of these yeasts to cause disease is linked to their faculty to modulate the expression of genes that mediate their escape from the immune surveillance and their persistence in the different unfavourable niches within the host. Comprehensive knowledge on gene expression control of fungal fitness is consequently an interesting framework for the identification of essential infection processes that could be hindered by chemicals as potential therapeutics. Here, we expanded the use of ChEC-seq, a technique that was initially developed in the yeast model Saccharomyces cerevisiae to identify genes that are modulated by a transcriptional regulator, to the pathogenic yeasts C. albicans and C. auris . This robust technique will allow a better characterization of key gene expression regulators and their contribution to virulence and antifungal resistance in these pathogenic yeasts.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».