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Enregistrement W3037445289 · doi:10.17863/cam.15888

An Expanded Genome-Wide Association Study of Type 2 Diabetes in Europeans.

2017· article· en· W3037445289 sur OpenAlexfundno aff
Robert A. Scott, Laura J. Scott, Letizia Marullo, Kyle J. Gaulton, Marika Kaakinen, Natalia Pervjakova, Tune H. Pers, Andrew D. Johnson, John D. Eicher, Anne Jackson, Teresa Ferreira, Yeji Lee, Clement Ma, Valgerður Steinthórsdóttir, Guðmar Þorleifsson, Lu Qi, Natalie R. van Zuydam, Anubha Mahajan, Han Chen, Peter Almgren, Benjamin F. Voight, Harald Grallert, Martina Müller‐Nurasyid, Janina S. Ried, Nigel W. Rayner, Neil Robertson, Lennart C. Karssen, Sara M. Willems, Christian Fuchsberger, Phoenix Kwan, Tanya M. Teslovich, Pritam Chanda, Man Li, Yingchang Lu, Christian Dina, Dorothée Thuillier, Loic Yengo, Longda Jiang, Thomas Sparsø, Hans A. Kestler, Himanshu Chheda, Lewin Eisele, Stefan Gustafsson, Mattias Frånberg, Rona J. Strawbridge, Rafn Benediktsson, Ástráður B. Hreiðarsson, Augustine Kong, Gunnar Sigurðsson, Nicola D. Kerrison, Jian’an Luan, Liming Liang, Thomas Meitinger, Michael Roden, Barbara Thorand, Tõnu Esko, Evelin Mihailov, Caroline S. Fox, Ching‐Ti Liu, Denis Rybin, Bo Isomaa, Valeriya Lyssenko, David Couper, James S. Pankow, Niels Grarup, Marit E. Jørgensen, Torben Jørgensen, Allan Linneberg, Marilyn C. Cornelis, Rob M. van Dam, Sarah Hunt, Peter Kraft, Qi Sun, Sarah Edkins, Katharine R. Owen, John R. B. Perry, Andrew R. Wood, Eleftheria Zeggini, Juan Tajes-Fernandes, Gonçalo R. Abecasis, Lori L. Bonnycastle, Peter S. Chines, Heather M. Stringham, Heikki A. Koistinen, Leena Kinnunen, Bengt Sennblad, Thomas W. Muehleisen, Markus M. Nöethen, Sonali Pechlivanis, Damiano Baldassarre, Karl Gertow, Steve E. Humphries, Elena Tremoli, Norman Klopp, Julia Meyer, Gerald Steinbach, Roman Wennauer, Johan G. Eriksson, Leena Peltonen, Emmi Tikkanen, G. Charpentier, Elodie Eury, Stéphane Lobbens, Bruna Gigante, Karin Leander, Olga McLeod, Erwin P. Böttinger, Omri Gottesman, Douglas M. Ruderfer, Péter Kovács, Anke Tönjes, Nisa M. Maruthur, Chiara Scapoli, Raimund Erbel, Susanne Moebus, Ulf dé Fairé, Anders Hamsten, Michael Stümvoll, Peter Donnelly, Timothy M. Frayling, Andrew T. Hattersley, Samuli Ripatti, Veikko Salomaa, Nancy L. Pedersen, Bernhard O. Boehm, Richard N. Bergman, Francis S. Collins, Karen L. Mohlke, Jaakko Tuomilehto, Torben Hansen, Oluf Pedersen, Inês Barroso, Lars Lannfelt, Erik Ingelsson, Lars Lind, Cecilia M. Lindgren, Stéphane Cauchi, Philippe Froguel, Ruth J. F. Loos, Beverley Balkau, Heiner Boeing, Paul W. Franks, Aurelio Barricarte Gurrea, Domenico Palli, Yvonne T. van der Schouw, David Altshuler, Leif Groop, Claudia Langenberg, Nicholas J. Wareham, Eric J.G. Sijbrands, Cornelia M. van Duijn, José C. Florez, James B. Meigs, Eric Boerwinkle, Christian Gieger, Konstantin Strauch, Andres Metspalu, Andrew D. Morris, Frank B. Hu, Unnur Þorsteinsdóttir, Josée Dupuis, Andrew P. Morris, Michael Boehnke, Mark I. McCarthy, Inga Prokopenko

Notice bibliographique

RevueCarolina Digital Repository (University of North Carolina at Chapel Hill) · 2017
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueBioinformatics and Genomic Networks
Établissements canadiensnon disponible
Organismes subventionnairesNational Institutes of HealthH. Lundbeck A/SNovo Nordisk Foundation Center for Basic Metabolic ResearchUniversität UlmDiabetesliittoRheinische Friedrich-Wilhelms-Universität BonnSvenska KulturfondenCopenhagen Graduate School for Nanoscience and NanotechnologySydäntutkimussäätiöMedizinischen Hochschule HannoverBroad InstituteNIHR Biomedical Research Centre, Royal Marsden NHS Foundation Trust/Institute of Cancer ResearchFondation de FranceHorizon 2020 Framework ProgrammeVetenskapsrådetGlaxoSmithKlineSigne ja Ane Gyllenbergin SäätiöGenome CanadaNovo NordiskAlfred Benzon FoundationKuopion Yliopistollinen SairaalaKarolinska InstitutetSamfundet FolkhälsanPäivikki ja Sakari Sohlbergin SäätiöEuropean Regional Development FundTerveyden ja hyvinvoinnin laitosAcademy of FinlandEesti TeadusagentuurKelaUniversity of ExeterDeutsche ForschungsgemeinschaftMinerva FoundationInstitut National de la Santé et de la Recherche MédicaleEuropean Foundation for the Study of DiabetesUniversity of OxfordQueen Mary University of LondonFolkhälsanin TutkimussäätiöNational Institute for Health and Care ResearchCentre of Excellence for Environmental Decisions, Australian Research CouncilLee Kong Chian School of Medicine, Nanyang Technological UniversityJohns Hopkins UniversityNational Heart, Lung, and Blood InstituteNanyang Technological UniversityUniversità degli Studi di FerraraAmerican Heart AssociationLundbeckfondenUniversity College LondonWellcome TrustPfizerMedical Research CouncilIncyteFoundation for Cardiovascular ResearchErasmus Universitair Medisch Centrum RotterdamEuropean CommissionHelsingin YliopistoSchool of Medicine, Boston UniversityMassachusetts Institute of TechnologyBritish Heart FoundationBrigham and Women's HospitalAmgenNational Institute of Diabetes and Digestive and Kidney DiseasesHelsingin ja Uudenmaan SairaanhoitopiiriImperial College LondonDanmarks Frie ForskningsfondAndrea and Charles Bronfman Philanthropies
Mots-clésType 2 diabetesGenome-wide association studyGeneticsBiologyEvolutionary biologyDiabetes mellitusGeneSingle-nucleotide polymorphismGenotype

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

To characterize type 2 diabetes (T2D)-associated variation across the allele frequency spectrum, we conducted a meta-analysis of genome-wide association data from 26,676 T2D case and 132,532 control subjects of European ancestry after imputation using the 1000 Genomes multiethnic reference panel. Promising association signals were followed up in additional data sets (of 14,545 or 7,397 T2D case and 38,994 or 71,604 control subjects). We identified 13 novel T2D-associated loci (P < 5 × 10(-8)), including variants near the GLP2R, GIP, and HLA-DQA1 genes. Our analysis brought the total number of independent T2D associations to 128 distinct signals at 113 loci. Despite substantially increased sample size and more complete coverage of low-frequency variation, all novel associations were driven by common single nucleotide variants. Credible sets of potentially causal variants were generally larger than those based on imputation with earlier reference panels, consistent with resolution of causal signals to common risk haplotypes. Stratification of T2D-associated loci based on T2D-related quantitative trait associations revealed tissue-specific enrichment of regulatory annotations in pancreatic islet enhancers for loci influencing insulin secretion and in adipocytes, monocytes, and hepatocytes for insulin action-associated loci. These findings highlight the predominant role played by common variants of modest effect and the diversity of biological mechanisms influencing T2D pathophysiology.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: Observationnel
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,002
Score d'incertitude au seuil0,806

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0010,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,007
Tête enseignante GPT0,189
Écart entre enseignants0,182 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations0
Publié2017
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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