Synthesizing Systems Biology Knowledge from Omics Using Genome‐Scale Models
Notice bibliographique
Résumé
Omic technologies have enabled the complete readout of the molecular state of a cell at different biological scales. In principle, the combination of multiple omic data types can provide an integrated view of the entire biological system. This integration requires appropriate models in a systems biology approach. Here, genome-scale models (GEMs) are focused upon as one computational systems biology approach for interpreting and integrating multi-omic data. GEMs convert the reactions (related to metabolism, transcription, and translation) that occur in an organism to a mathematical formulation that can be modeled using optimization principles. A variety of genome-scale modeling methods used to interpret multiple omic data types, including genomics, transcriptomics, proteomics, metabolomics, and meta-omics are reviewed. The ability to interpret omics in the context of biological systems has yielded important findings for human health, environmental biotechnology, bioenergy, and metabolic engineering. The authors find that concurrent with advancements in omic technologies, genome-scale modeling methods are also expanding to enable better interpretation of omic data. Therefore, continued synthesis of valuable knowledge, through the integration of omic data with GEMs, are expected.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,002 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,002 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,004 | 0,003 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,002 | 0,003 |
| Science ouverte | 0,002 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,002 | 0,003 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,002 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».