Ex vivo Comprehensive Multiphase NMR of whole organisms: A complementary tool to in vivo NMR
Notice bibliographique
Résumé
Nuclear Magnetic Resonance (NMR) spectroscopy is a non-invasive analytical technique which allows for the study of intact samples. Comprehensive Multiphase NMR (CMP-NMR) combines techniques and hardware from solution state and solid state NMR to allow for the holistic analysis of all phases (i.e. solutions, gels and solids) in unaltered samples. This study is the first to apply CMP-NMR to deceased, intact organisms and uses 13C enriched Daphnia magna (water fleas) as an example. D. magna are commonly used model organisms for environmental toxicology studies. As primary consumers, they are responsible for the transfer of nutrients across trophic levels, and a decline in their population can potentially impact the entire freshwater aquatic ecosystem. Though in vivo research is the ultimate tool to understand an organism’s most biologically relevant state, studies are limited by conditions (i.e. oxygen requirements, limited experiment time and reduced spinning speed) required to keep the organisms alive, which can negatively impact the quality of the data collected. In comparison, ex vivo CMP-NMR is beneficial in that; organisms do not need oxygen (eliminating air holes in rotor caps and subsequent evaporation); samples can be spun faster, leading to improved spectral resolution; more biomass per sample can be analyzed; and experiments can be run for longer. In turn, higher quality ex vivo NMR, can provide more comprehensive NMR assignments, which in many cases could be transferred to better understand less resolved in vivo signals. This manuscript is divided into three sections: 1) multiphase spectral editing techniques, 2) detailed metabolic assignments of 2D NMR of 13C enriched D. magna and 3) multiphase biological changes over different life stages, ages and generations of D. magna. In summary, ex vivo CMP-NMR proves to be a very powerful approach to study whole organisms in a comprehensive manner and should provide very complementary information to in vivo based research.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,002 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,002 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».