On the prediction of DNA-binding preferences of C2H2-ZF domains using structural models: application on human CTCF
Pourquoi ce travail est dans la base
Une base qui oublie comment elle a trouvé un travail ne peut pas être vérifiée. Voici les voies qui ont admis celui-ci.
Notice bibliographique
Résumé
Cis2-His2 zinc finger (C2H2-ZF) proteins are the largest family of transcription factors in human and higher metazoans. To date, the DNA-binding preferences of many members of this family remain unknown. We have developed a computational method to predict their DNA-binding preferences. We have computed theoretical position weight matrices (PWMs) of proteins composed by C2H2-ZF domains, with the only requirement of an input structure. We have predicted more than two-third of a single zinc-finger domain binding site for about 70% variants of Zif268, a classical member of this family. We have successfully matched between 60 and 90% of the binding-site motif of examples of proteins composed by three C2H2-ZF domains in JASPAR, a standard database of PWMs. The tests are used as a proof of the capacity to scan a DNA fragment and find the potential binding sites of transcription-factors formed by C2H2-ZF domains. As an example, we have tested the approach to predict the DNA-binding preferences of the human chromatin binding factor CTCF. We offer a server to model the structure of a zinc-finger protein and predict its PWM.
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Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle