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Enregistrement W3038948725 · doi:10.1101/2020.07.01.182584

Connexin 46 and connexin 50 gap junction channel open stability and unitary conductance are shaped by structural and dynamic features of their N-terminal domains

2020· preprint· en· W3038948725 sur OpenAlexafffund
Benny Yue, Bassam G. Haddad, Umair Khan, Honghong Chen, Mena Atalla, Ze Zhang, Daniel M. Zuckerman, Steve Reichow, Donglin Bai

Notice bibliographique

RevuebioRxiv (Cold Spring Harbor Laboratory) · 2020
Typepreprint
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueConnexins and lens biology
Établissements canadiensWestern University
Organismes subventionnairesNatural Sciences and Engineering Research Council of CanadaNational Institutes of HealthNational Science Foundation
Mots-clésConnexinGatingGap junctionBiophysicsChemistryGene isoformCell biologyIntracellularBiologyBiochemistryGene

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Abstract The connexins form intercellular communication channels, known as gap junctions (GJs), that facilitate diverse physiological roles in vertebrate species, ranging from electrical coupling and long-range chemical signaling, to coordinating development and nutrient exchange. GJs formed by different connexins are expressed throughout the body and harbor unique channel properties that have not been fully defined mechanistically. Recent structural studies have implicated the amino-terminal (NT) domain as contributing to isoform-specific functional differences that exist between the lens connexins, Cx50 and Cx46. To better understand the structural and functional differences in the two closely related, yet functionally distinct GJs, we constructed models corresponding to CryoEM-based structures of the wildtype Cx50 and Cx46 GJs, NT domain swapped chimeras (Cx46-50NT and Cx50-46NT), and point variants at the 9 th residue (Cx46-R9N and Cx50-N9R) for comparative MD simulation and electrophysiology studies. All of these constructs formed functional GJ channels, except Cx46-50NT, which correlated with increased dynamical behavior (instability) of the NT domain observed by MD simulation. Single channel conductance (γ j ) also correlated well with free-energy landscapes predicted by MD, where γ j of Cx46-R9N was increased from Cx46 and the γ j s of Cx50-46NT and Cx50-N9R was decreased from Cx50, but to a surprisingly greater degree. Additionally, we observed significant effects on transjunctional voltage-dependent gating (V j -gating) and open-state dwell times induced by the designed NT domain variants. Together, these studies indicate that the NT domains of Cx46 and Cx50 play an important role in defining channel properties related to open-state stability and single channel conductance.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,002
Score d'incertitude au seuil0,005

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,020
Tête enseignante GPT0,240
Écart entre enseignants0,220 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations0
Publié2020
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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