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Enregistrement W3039818316 · doi:10.1101/2020.07.01.177519

Cryo-EM structure of enteric adenovirus HAdV-F41 highlights structural divergence among human adenoviruses

2020· preprint· en· W3039818316 sur OpenAlexafffund
Marta Pérez-Illana, Marta Martínez, Gabriela N. Condezo, Mercedes Hernando‐Pérez, Casandra Mangroo, Martha Brown, R. Marabini, Carmen San Martı́n

Notice bibliographique

RevuebioRxiv (Cold Spring Harbor Laboratory) · 2020
Typepreprint
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueViral gastroenteritis research and epidemiology
Établissements canadiensUniversity of Toronto
Organismes subventionnairesCentro Nacional de BiotecnologíaEuropean Regional Development FundMinisterio de Asuntos Económicos y Transformación Digital, Gobierno de EspañaCentral European Institute of TechnologyAgencia Estatal de Investigación“la Caixa” FoundationMinisterstvo Školství, Mládeže a TělovýchovyNatural Sciences and Engineering Research Council of CanadaEuropean Commission
Mots-clésCapsidVirologyMastadenovirusEnteric virusBiologyVirusAdenoviridaeGeneRecombinant DNAGenetics

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Abstract Enteric adenoviruses are one of the main causes of viral gastroenteritis in the world. To carry out a successful infection, the virions must withstand the harsh conditions found in the gut. This requirement suggests that capsid stability must be different from that of other adenoviruses. We have determined the structure of a human enteric adenovirus, HAdV-F41, at 4.0 Å resolution by single particle averaging cryo-electron microscopy, and compared it with that of other adenoviruses with respiratory (HAdV-C5) and ocular (HAdV-D26) tropisms. While the overall structures of hexon, penton base and internal minor coat proteins IIIa and VIII are conserved, we observe partially ordered elements reinforcing the vertex region, which suggests their role in enhancing the physicochemical capsid stability of HAdV-F41. Unexpectedly, we find an organization of the external minor coat protein IX different from all previously characterized human and non-human mastadenoviruses. Knowledge of the structure of enteric adenoviruses can provide a starting point for the design of vectors suitable for oral delivery or intestinal targeting.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Sans objet · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,002
Score d'incertitude au seuil0,005

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,026
Tête enseignante GPT0,277
Écart entre enseignants0,251 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeSans objet
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations2
Publié2020
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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