Epidemiology and genetic diversity of circulating dengue viruses in Medellin, Colombia: a fever surveillance study
Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND: Dengue fever is a major public health problem in Colombia. A fever surveillance study was conducted for evaluation of the clinical, epidemiological, and molecular patterns of dengue, prior to Chikungunya and Zika epidemics. METHODS: In November 2011-February 2014, a passive facility-based surveillance was implemented in Santa Cruz Hospital, Medellin, and enrolled eligible febrile patients between 1 and 65 years-of-age. Acute and convalescent blood samples were collected 10-21 days apart and tested for dengue using IgM/IgG ELISA. RNA was extracted for serotyping using RT-PCR on acute samples and genotyping was performed by sequencing. RESULTS: Among 537 febrile patients enrolled during the study period, 29% (n = 155) were identified to be dengue-positive. Only 7% of dengue cases were hospitalized, but dengue-positive patients were 2.6 times more likely to be hospitalized, compared to non-dengue cases, based on a logistic regression. From those tested with RT-PCR (n = 173), 17 were dengue-confirmed based on PCR and/or virus isolation showing mostly DENV-3 (n = 9) and DENV-4 (n = 7) with 1 DENV-1. Genotyping results showed that: DENV-1 isolate belongs to the genotype V or American/African genotype; DENV-3 isolates belong to genotype III; and DENV-4 isolates belong to the II genotype and specifically to the IIb sub-genotype or linage. CONCLUSIONS: Our surveillance documented considerable dengue burden in Santa Cruz comuna during non-epidemic years, and genetic diversity of circulating DENV isolates, captured prior to Chikungunya epidemic in 2014 and Zika epidemic in 2015. Our study findings underscore the need for continued surveillance and monitoring of dengue and other arboviruses and serve as epidemiological and molecular evidence base for future studies to assess changes in DENV transmission in Medellin, given emerging and re-emerging arboviral diseases in the region.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».