MétaCan
Menu
Retour à la cohorte
Enregistrement W3040358148 · doi:10.1097/pas.0000000000001531

A Molecular Reappraisal of Glomus Tumors and Related Pericytic Neoplasms With Emphasis on NOTCH-gene Fusions

2020· article· en· W3040358148 sur OpenAlexaff
Narasimhan P. Agaram, Lei Zhang, Achim A. Jungbluth, Brendan C. Dickson, Cristina R. Antonescu

Notice bibliographique

RevueThe American Journal of Surgical Pathology · 2020
Typearticle
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueSoft tissue tumors and treatment
Établissements canadiensMount Sinai Hospital
Organismes subventionnairesNational Cancer Institute
Mots-clésFusion genePDGFRBFluorescence in situ hybridizationGene rearrangementPathologyBiologyGeneMedicineGenetics

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Glomus tumors (GTs), together with myofibroma (MF), myopericytoma (MP), and angioleiomyoma (AL) are classified as members of the perivascular myoid family of tumors. The reported genetic abnormalities across these neoplasms is dissimilar, arguing against a pathogenetically unified family; half of the GT showing NOTCH-gene fusions and a smaller subset BRAF V600E mutations, while PDGFRB mutations are noted in a subset of MF and MP. This study aimed to investigate the prevalence and specificity of NOTCH-gene fusions in a large group of GT and correlate with clinical features. BRAF-VE1 and PDGFRB immunoexpression was also investigated in this cohort. A total of 93 GT and 43 other pericytic lesions (11 MP, 13 MF, and 19 AL) were selected. All cases were tested by fluorescence in situ hybridization for NOTCH1-4 and MIR143 gene abnormalities and 6 cases were investigated by targeted RNA-sequencing. Fluorescence in situ hybridization revealed NOTCH-gene rearrangements in 50 (54%) GT, 2 MP (18%), and 2 AL (11%). NOTCH-rearrangements were present in 34 (68%) benign and 16 (32%) malignant GT. Fusion-positive benign GT were overwhelmingly seen in males with a predilection for extremities, while the malignant GT occurred mostly in viscera. Among the fusion-negative GT, 88% were benign, 9% uncertain malignant potential, and 2% malignant. Half of the fusion-negative GTs occurred in the finger/subungual region. In summary, rearrangements of NOTCH genes are seen in over half of GT, with NOTCH2-MIR143 being the most common fusion (73%), while only a small subset of AL and MP share these abnormalities. The common subungual GT subset lack NOTCH-gene fusions suggesting an alternative pathogenesis. BRAF-VE1 was negative in all 37 cases studied, while strong PDGFRB staining was seen in 14 (21%) cases. Additional studies are needed to investigate the genetic alterations in the fusion-negative cases.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Étude de cas · Signal consensuel: Étude de cas
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,264
Score d'incertitude au seuil0,325

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,001
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,011
Tête enseignante GPT0,265
Écart entre enseignants0,253 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeÉtude de cas
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations54
Publié2020
Routes d'admission1
Résumé présentoui

Explorer davantage

Même revueThe American Journal of Surgical PathologyMême sujetSoft tissue tumors and treatmentTravaux en français237 207