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Enregistrement W3040473777 · doi:10.1101/2020.07.06.185066

Genome sequencing analysis identifies new loci associated with Lewy body dementia and provides insights into the complex genetic architecture

2020· preprint· en· W3040473777 sur OpenAlexafffund
Ruth Chia, Marya S. Sabir, Sara Bandrés‐Ciga, Sara Sáez-Atiénzar, Regina H. Reynolds, Emil K. Gustavsson, Ronald L. Walton, Sarah Ahmed, Coralie Viollet, Jinhui Ding, Mary B. Makarious, Mónica Díez-Fairén, Makayla Portley, Zalak Shah, Yevgeniya Abramzon, Dena Hernández, Cornelis Blauwendraat, David J. Stone, John D. Eicher, Laura Parkkinen, Olaf Ansorge, Lorraine N. Clark, Lawrence S. Honig, Karen Marder, Afina W. Lemstra, Peter St George‐Hyslop, Elisabet Londos, Kevin Morgan, Tammaryn Lashley, Thomas T. Warner, Zane Jaunmuktane, Douglas Galasko, Isabel Santana, Pentti J. Tienari, Liisa Myllykangas, Minna Oinas, Nigel J. Cairns, John C. Morris, Glenda M. Halliday, Vivianna M. Van Deerlin, John Q. Trojanowski, Maurizio Grassano, Andrea Calvo, Gabriele Mora, Antonio Canosa, Gianluca Floris, Ryan C. Bohannan, Francesca Brett, Ziv Gan‐Or, Joshua T. Geiger, Anni Moore, Patrick May, Rejko Krüger, David S. Goldstein, Grisel Lopez, Nahid Tayebi, Ellen Sidransky, Jose‐Alberto Palma, Horacio Kaufmann, Vikram G. Shakkottai, Matthew Perkins, Kathy L. Newell, Thomas Gasser, Claudia Schulte, Francesco Landi, Erika Salvi, Daniele Cusi, Eliezer Masliah, Ronald C. Kim, Chad A. Caraway, Ed Monuki, Maura Brunetti, Ted M. Dawson, Liana S. Rosenthal, Marilyn S. Albert, Olga Pletnikova, Juan C. Troncoso, Margaret E. Flanagan, Qinwen Mao, Eileen H. Bigio, Eloy Rodríguez‐Rodríguez, Jon Infante, Carmen Lage, Isabel González Aramburu, Pascual Sánchez‐Juan, Bernardino Ghetti, Julia Keith, Sandra E. Black, Mario Masellis, Ekaterina Rogaeva, Charles Duyckaerts, Alexis Brice, Suzanne Lesage, Georgia Xiromerisiou, Matthew J. Barrett, Bension S. Tilley, Steve Gentleman, Giancarlo Logroscino, Geidy E. Serrano, Thomas G. Beach, Ian G. McKeith, Alan Thomas, Johannes Attems, Christopher M. Morris, Seth Love, Claire Troakes, Safa Al‐Sarraj, Angela Hodges, Dag Aarsland, Gregory Klein, Scott M. Kaiser, Randy Woltjer, Pau Pástor, Lynn M. Bekris, James B. Leverenz, Lilah M. Besser, Amanda Kuzma, Alan E. Renton, Alison Goate, David A. Bennett, Clemens R. Scherzer, Huw R. Morris, Raffaele Ferrari, Diego Albani, Stuart Pickering‐Brown, Kelley Faber, Walter A. Kukull, Estrella Morenas‐Rodríguez, Alberto Lleó, Juan Fortea, Daniel Alcolea, Jordi Clarimón, Michael A. Nalls, Luigi Ferrucci, Susan M. Resnick, Toshiko Tanaka, Tatiana Foroud, Caroline Graff, Zbigniew K. Wszołek, Tanis J. Ferman, Bradley F. Boeve, John Hardy, Eric Topol, Ali Torkamani, Andrew Singleton, Mina Ryten, Dennis W. Dickson, Adriano Chiò, Owen A. Ross, J. Raphael Gibbs, Clifton L. Dalgard, Bryan J. Traynor, Sonja W. Scholz

Notice bibliographique

RevuebioRxiv (Cold Spring Harbor Laboratory) · 2020
Typepreprint
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueGenomics and Rare Diseases
Établissements canadiensHeart and Stroke FoundationSunnybrook Health Science CentreOccupational Cancer Research CentreHealth Sciences CentreMcGill UniversityMontreal Neurological Institute and HospitalUniversity of Toronto
Organismes subventionnairesNational Center for Advancing Translational SciencesDemensförbundetNational Heart, Lung, and Blood InstituteInstituto de Salud Carlos IIIAlzheimer's SocietyCanadian Institutes of Health ResearchNational Institutes of HealthUniversity of TorontoCharles F. and Joanne Knight Alzheimer Disease Research Center, Washington University in St. LouisNewcastle UniversityEuropean Regional Development FundKing's College LondonNational Institute on AgingNational Institute for Health and Care ResearchMedical Research CouncilVerily Life SciencesMinistero della SaluteSol Goldman Charitable TrustCollege of Pharmacy, University of MichiganNational Institute of Neurological Disorders and StrokeSunovionArizona Biomedical Research CommissionGeorgia Clinical and Translational Science AllianceWellcome TrustBroad InstituteSanofiSouth London and Maudsley NHS Foundation TrustCOPD FoundationMayo ClinicUniversity of MichiganMassachusetts General HospitalLittle Family FoundationMinistero dell’Istruzione, dell’Università e della RicercaJohns Hopkins UniversityBrigham and Women's HospitalArizona Department of Health ServicesNational Human Genome Research InstituteCelgeneNational Institute on Minority Health and Health DisparitiesAstraZenecaJackson State UniversityMississippi State Department of HealthMichael J. Fox Foundation for Parkinson's ResearchConsortium canadien en neurodégénérescence associée au vieillissementAmerican Parkinson Disease AssociationNorthwestern UniversityPfizerFoundation for the National Institutes of HealthAmerican Heart AssociationCenter for Individualized Medicine, Mayo ClinicLewy Body Dementia Association
Mots-clésGenetic architectureLewy bodyDementiaGenome-wide association studyBiologyDiseaseGeneticsGenomeDementia with Lewy bodiesGenetic associationComputational biologyGeneEvolutionary biologyQuantitative trait locusMedicineSingle-nucleotide polymorphismGenotypePathology

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Abstract The genetic basis of Lewy body dementia (LBD) is not well understood. Here, we performed whole-genome sequencing in large cohorts of LBD cases and neurologically healthy controls to study the genetic architecture of this understudied form of dementia and to generate a resource for the scientific community. Genome-wide association analysis identified five independent risk loci, whereas genome-wide gene-aggregation tests implicated mutations in the gene GBA . Genetic risk scores demonstrate that LBD shares risk profiles and pathways with Alzheimer’s and Parkinson’s disease, providing a deeper molecular understanding of the complex genetic architecture of this age-related neurodegenerative condition.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,001
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,002
Score d'incertitude au seuil0,008

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,001
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0010,001
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0010,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0020,001

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,011
Tête enseignante GPT0,205
Écart entre enseignants0,194 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations7
Publié2020
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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