Species validity of five common northern/Arctic spring bloom diatoms: a combined morphological and molecular study
Notice bibliographique
Résumé
Relevant taxonomical morphological characters of five common spring bloom centric diatoms, preliminary identified as Attheya longicornis Crawford & Gardner, Chaetoceros furcellatus Yendo, Porosira glacialis Jørgensen, Coscinodiscus sp. and Skeletonema marinoi Sarno & Zingone were observed and described using light and scanning electron microscope. \nFurther, samples of cultured diatoms were sent to the Canadian centre of DNA Barcoding (CCDB) for DNA extraction, PCR and sequencing. Out of five submitted replicates for each species, CCDB gained five sequences of Attheya strain nr. 20.2, two sequences of Chaetoceros strain nr. 61 and one sequence of Porosira strain nr. 201 based on marker of rbcL gene from chloroplast. One sequence of Skeletonema strain nr. 204 resulted from sequencing of 16S rRNA gene. Sequencing was not successful for Coscinodiscus strain nr. 203.\n\nAccording to results from the morphologic examination, with some uncertainty, it is possible to conclude that strain nr. 20.2 is Attheya longicornis. Chaetoceros strain nr. 61 is estimated to be Ch. furcellatus, but it is not possible to identify certainly due to missing SEM images of spores and missing appropriate phylogenetic data. Porosira strain nr. 201 is Porosira glacialis, mainly based on morphologic description, with indication from molecular survey. Coscinodiscus strain nr. 203 is Coscinodiscus concinnus and Skeletonema strain nr. 204 is Skeletonema marinoi. Both last named species were identified only according to morphologic features.\n\nUsing reference DNA sequences available in the GenBank, it was possible to demonstrate that rbcL gene from chloroplast is a promising marker for DNA barcoding of diatoms, as many species were found in strongly supported monophylectic groups on the rbcL phylogeny, necessarily to remind that the periodic reconciliation of up to date scientific publications on diatom taxonomy is inevitable in order to perform proper taxonomic classification.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,003 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,002 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,004 | 0,004 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».