EGFR circulating tumour DNA testing: identification of predictors of ctDNA detection and implications for survival outcomes
Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND: EGFR T790M testing is the standard of care for activating EGFR mutation (EGFRm) non-small cell lung cancer (NSCLC) progressing on 1st/2nd generation TKIs to select patients for osimertinib. Despite sensitive assays, detection of circulating tumour deoxyribonucleic acid (ctDNA) is variable and influenced by clinical factors. The number and location of sites of progressive disease at time of testing were reviewed to explore the effect on EGFR ctDNA detection. The prognostic value of EGFR ctDNA detection on survival outcomes was assessed. METHODS: Following extraction of cell-free DNA from plasma using the QIAamp Circulating Nucleic Acid Kit, custom droplet digital polymerase chair reaction (ddPCR) assays were used to assess EGFR ctDNA using the Bio-Rad QX200 system. The ddPCR assay has a limit of detection of ≤0.15% variant allele fraction. Baseline characteristics and imaging reports at time of EGFR ctDNA testing were reviewed retrospectively for a 1 year period. RESULTS: The study included 177 patients who had an EGFR ctDNA test. Liver (aOR 3.13) or bone (aOR 2.76) progression or 3-5 sites of progression (aOR 2.22) were predictive of EGFR ctDNA detection. The median OS from first ctDNA test after multiple testing iterations was 12.3 m undetectable EGFR ctDNA, 7.6 m for original EGFR mutation only and 24.1 m with T790M (P=0.001). CONCLUSIONS: Patients with liver or bone progression and 3-5 progressing sites are more likely to have informative EGFR ctDNA testing. Detection of EGFR ctDNA is a negative prognostic indicator in the absence of a T790M resistance mutation, potentially reflecting the disease burden in the absence of targeted therapy options.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,003 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».