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Enregistrement W3042247894 · doi:10.53846/goediss-8101

Interplay of Verticillium signaling genes favoring beneficial or detrimental outcomes in interactions with plant hosts

2020· dissertation· en· W3042247894 sur OpenAlexfundno aff
Jessica Starke

Notice bibliographique

Revuenon disponible
Typedissertation
Langueen
DomaineAgricultural and Biological Sciences
ThématiquePlant-Microbe Interactions and Immunity
Établissements canadiensnon disponible
Organismes subventionnairesUniversity of British ColumbiaGöttinger Graduiertenschule für Neurowissenschaften, Biophysik und Molekulare Biowissenschaften
Mots-clésMolecular biologyBiology

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Sowohl Verticillien als auch ihre Wirtspflanzen tragen zur Entwicklung von Krankheitssymptomen als Folge ihrer Interaktion bei. In haploiden Verticillien wurden Hybridisierungen zur Entstehung des amphidiploiden Rapspathogens Verticillium longisporum, und der Erwerb von artspezifischen Regionen (LS Regionen) als Mechanismen evolutions-getriebener Genomerweiterung beschrieben. Ob aus einer PilzPflanzeninteraktion Pathogenität oder eine reduzierte Anfälligkeit der Wirtspflanze resultiert, hängt vom gegenseitigen Austausch von sekretierten Signalen und deren Wahrnehmung, sowie von intrazellulären Transduktionswegen ab. Im haploiden Genom des Tomatenpathogens V. dahliae JR2 befindet sich eine Vl43LS20kbRegion, die für mögliche Transkriptionsfaktoren kodiert und nicht für die Virulenz benötigt wird. Die Genome der pathogenen, amphidiploiden V. longisporum Isolate Vl43 und Vl145c enthalten ebenfalls diese LS Region, die jedoch nicht im Genom des asymptomatischen Hybriden Vl32 zu finden ist. Die Deletion dieser Region führte in V. longisporum Vl43 zu verstärkten Krankheitssymptomen in Rapspflanzen, woraus eine Funktion in der Reduzierung der Virulenz oder der Anfälligkeit der Wirtspflanze hervorgeht. Die Fus3/Kss1-ähnliche MAP Kinase Vmk1 spielt eine essentielle Rolle in der Regulation der Virulenz in Pflanzen in V. dahliae. Intrazelluläre Signaltransduktionswege können durch sogenannte Scaffold-Proteine isoliert werden um die Spezifität aufrecht zu erhalten. Das entsprechende Homolog zum Neurospora crassa MAP Kinase Scaffold-protein HAM-5 wurde bisher nicht in Pflanzenpathogenen beschrieben und die Rolle der vorgeschalteten Kinase Mek2 ist in Verticillien bisher nicht bekannt. Die Deletion von V. dahliae HAM5 erlaubte eine Wildtyp-ähnliche Entwicklung, wohingegen die Deletion von MEK2, sowie die Deletion von VMK1, in reduziertem vegetativen Wachstum und verringerter Mikrosklerotienbildung resultierten. MEK2 und VMK1 Deletionsstämme konnten aus Pflanzengewebe re-isoliert werden, was ihr Potenzial in die Wirtspflanze einzudringen bestätigt. Jedoch zeigten beide Stämme Defekte in der Induktion von Krankheitssymptomen in Tomatenpflanzen. HAM5 Deletionsstämme induzierten Wildtyp-ähnliche Krankheitssymptome in der Pflanze. Somit ist die Regulation von vegetativem Wachstum, Mikrosklerotienbildung und Pathogenität, die durch den Vmk1/Mek2 MAPK-Signalweg vermittelt wird, in V. dahliae unabhängig von dem Scaffold-Protein Ham5 und erfordert dessen Isolationsfunktion nicht. Das Eindringen in die Wirtspflanze und die Immunsuppression erfordert die Sekretion von korrekt gefalteten Proteinen, welche durch den Hac1-kontrollierten Signalweg als Antwort auf ungefaltete Proteine (UPR) überwacht wird. Der bZIP Transkriptionsfaktor Hac1 ist essentiell für die Virulenz des nekrotrophen Appressorien-bildenden Ascomyceten Alternaria brassicicola, sowie des Basidiomyceten Ustilago maydis. Die V. dahliae HAC1 mRNA kommt in zwei Spleißvarianten HAC1u (uninduziert) und HAC1i (induziert) vor. Jedoch wird nur HAC1i in ein Protein übersetzt. Die Deletion von HAC1 führte zu signifikant verringertem vegetativen Wachstum, verringerter Konidienbildung und zur Unfähigkeit Mikrosklerotien als Überdauerungsstrukturen zu bilden. ΔHAC1 konnte den Wurzelkortex von Arabidopsis thaliana-Pflanzen penetrieren und die Kolonisierung initialisieren, induzierte jedoch deutlich weniger starke Krankheitssymptome in Tomatenpflanzen. Anders als die MAP Kinase-Deletionsstämme konnte ΔHAC1 nicht aus dem Pflanzenmaterial re-isoliert werden. Dies spricht für einen Defekt in der Vermehrung des Pilzes in der Pflanze. Ein konstitutiv aktiver UPR Signalweg führte zu verstärkter Mikrosklerotienbildung und einer Induktion von starken Krankheitssymptomen in Tomatenpflanzen. Folglich spielt HAC1 eine entscheidende Rolle in der Regulation von Wachstum und Differenzierung, und wird für die Virulenz von V. dahliae und die Induktion von Krankheitssymptomen in der Pflanze benötigt. Des Weiteren gibt es Verbindungen zwischen Virulenz und pilzlichen Hormonen. Diese sogenannten Oxylipine können Differenzierungsprozesse, die Produktion von Sekundärmetaboliten und die Manipulation der Immunabwehr der Wirtspflanze beeinflussen. Die Ode1 Oleat-∆12 Fettsäuredesaturase ist in intrazellulären Membranen lokalisiert und katalysiert die Oxidation von Ölsäure zu Linolsäure als Hauptvorläufer von Oxylipinen. Die Deletion des V. dahliae Gens ODE1 resultierte in verringertem vegetativem Wachstum und einer reduzierten Mikrosklerotienbildung. Allerdings zeigte der Defekt im ODE1 Gen nur einen geringen Einfluss auf die pilzliche Virulenz. Zusammenfassend wurde der Erfolg einer Pilz-Pflanzeninteraktion als Ergebnis eines komplexen Zusammenspiels aus Virulenz-verstärkenden und -reduzierenden Mechanismen untersucht: Artspezifische Insertionen im Pilzgenom können vorteilhaft für die Wirtspflanze sein, einzelne Enzyme für die Produktion von Linolsäure als Vorläufer von Oxylipinen haben einen geringen Einfluss, während der Hac1-regulierte UPR Signalweg, sowie der Scaffoldunabhängige Pheromon-MAPK-Signalweg, eine entscheidende Rolle für die Pathogenität spielen.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,001
Score d'incertitude au seuil0,004

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0010,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0010,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,025
Tête enseignante GPT0,271
Écart entre enseignants0,246 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations1
Publié2020
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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