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Enregistrement W3042269156 · doi:10.1002/gcc.22888

Gene fusions characterize a subset of uterine cellular leiomyomas

2020· article· en· W3042269156 sur OpenAlexaff
Anjelica Hodgson, David Swanson, Shangguo Tang, Brendan C. Dickson, Gulisa Turashvili

Notice bibliographique

RevueGenes Chromosomes and Cancer · 2020
Typearticle
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueUterine Myomas and Treatments
Établissements canadiensMcMaster University Medical CentreUniversity of TorontoMount Sinai Hospital
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésHMGA2Uterine leiomyomaLeiomyomaBiologySmooth Muscle TumorPathologyFusion geneCancer researchEndometrial stromal sarcomaStromal cellGeneMedicineGenetics

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Uterine leiomyomas are the most common benign tumor of the female genital tract. Previous studies have shown that conventional leiomyomas often harbor-specific alterations including rearrangements involving HMGA2. Cellular leiomyomas are a variant of uterine leiomyoma that are less well-studied from a genomic point of view. Morphologically and immunohistochemically, cellular leiomyomas may be confused with low-grade endometrial stromal neoplasms, a group of tumors which frequently harbor a number of recurrent gene fusions. Ancillary molecular testing may be used to investigate tumors where low-grade endometrial stromal neoplasms enter into the differential diagnosis. At our institution, we identified a uterine cellular leiomyoma harboring a HMGA2-TRAF3IP2 fusion. After a retrospective review 11 additional tumors were identified. All included cases were reviewed and evaluated for immunohistochemical expression of smooth muscle actin, desmin, h-caldesmon, CD10, estrogen receptor, and progesterone receptor. RNA sequencing using the TruSight RNA Fusion Panel was performed on formalin-fixed paraffin-embedded tissue samples. In addition to the index case, two other cases harbored fusions: HMGA2-NAA11 and TPCN2-YAP1, of which the latter is novel and was confirmed with reverse transcriptase-polymerase chain reaction. In conclusion, a subset of cellular leiomyomas harbor rearrangements involving HMGA2, suggesting molecular kinship with conventional uterine leiomyomas. In addition, the prevalence of the novel TPCN2-YAP1 gene fusion in cellular leiomyomas requires further study. The fusions reported here, when identified, may be useful when the diagnosis of cellular leiomyoma is in question.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesCharge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,378
Score d'incertitude au seuil1,000

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,029
Tête enseignante GPT0,275
Écart entre enseignants0,245 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations12
Publié2020
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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