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Enregistrement W3042279204 · doi:10.1371/journal.pbio.3000710

The pregnant myometrium is epigenetically activated at contractility-driving gene loci prior to the onset of labor in mice

2020· article· en· W3042279204 sur OpenAlexafffund
Virlana M. Shchuka, Luis E. Abatti, Huayun Hou, Nawrah Khader, Anna Dorogin, Michael D. Wilson, Oksana Shynlova, Jennifer A. Mitchell

Notice bibliographique

RevuePLoS Biology · 2020
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueEpigenetics and DNA Methylation
Établissements canadiensSinai Health SystemLunenfeld-Tanenbaum Research InstituteSickKids FoundationUniversity of Toronto
Organismes subventionnairesOntario Ministry of Research and InnovationCanadian Institutes of Health Research
Mots-clésBiologyMyometriumContractilityGeneGeneticsGene expressionCell biologyEndocrinologyPregnancy

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

During gestation, uterine smooth muscle cells transition from a state of quiescence to one of contractility, but the molecular mechanisms underlying this transition at a genomic level are not well-known. To better understand these events, we evaluated the epigenetic landscape of the mouse myometrium during the pregnant, laboring, and postpartum stages. We generated gestational time point-specific enrichment profiles for histone H3 acetylation on lysine residue 27 (H3K27ac), histone H3 trimethylation of lysine residue 4 (H3K4me3), and RNA polymerase II (RNAPII) occupancy by chromatin immunoprecipitation with massively parallel sequencing (ChIP-seq), as well as gene expression profiles by total RNA-sequencing (RNA-seq). Our findings reveal that 533 genes, including known contractility-driving genes (Gap junction alpha 1 [Gja1], FBJ osteosarcoma oncogene [Fos], Fos-like antigen 2 [Fosl2], Oxytocin receptor [Oxtr], and Prostaglandin G/H synthase 2 (Ptgs2), for example), are up-regulated at day 19 during active labor because of an increase in transcription at gene bodies. Labor-associated promoters and putative intergenic enhancers, however, are epigenetically activated as early as day 15, by which point the majority of genome-wide H3K27ac or H3K4me3 peaks present in term laboring tissue is already established. Despite this early exhibited histone signature, increased noncoding enhancer RNA (eRNA) production at putative intergenic enhancers and recruitment of RNAPII to the gene bodies of labor-associated loci were detected only during labor. Our findings indicate that epigenetic activation of the myometrial genome precedes active labor by at least 4 days in the mouse model, suggesting that the myometrium is poised for rapid activation of contraction-associated genes in order to exit the state of quiescence.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,001
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,048
Score d'incertitude au seuil0,384

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,001
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,018
Tête enseignante GPT0,266
Écart entre enseignants0,248 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations34
Publié2020
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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