Standardization of <i>Trypanosoma cruzi</i> DNA extraction and purification protocol from samples collected on Whatman 903 filter paper to Chagas disease diagnosis
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Chagas disease (CD) caused by the parasite Trypanosoma cruzi , belongs to the so-called neglected diseases group. In Argentina about 1,500 children are born with congenital Chagas disease per year. The diagnosis of CD in the newborn relies on the ability to detect parasites in the blood by microscopic observation, as the serological tests are ruled out because of the presence of maternal antibodies. CD treatment is more effective during the acute phase of infection. Early diagnosis and treatment of the disease is thus very important. The Argentinian National Program for early detection of metabolic diseases uses Whatman903 filter paper for blood sampling. This type of sample collection presents many advantages as the use of low blood volumes, minimal biological risk, and easy storage and transportation. The objective of the study was to evaluate the conservation efficiency of blood samples on filter paper in order to access good sensitivity on qPCR results for the detection of T. cruzi . To standardize the procedure, negative samples of blood were infected artificially with serial dilutions of trypomastigotes forms of T. cruzi from the TcVI strain obtained by cell culture in Vero cells. Concentrations between 50000 and 5 parasites/mL were prepared and loaded in filter paper for analysis. DNA extraction was conducted by the QIAamp DNA Mini Kit from QIAGEN. For qPCR, a method based on TaqMan technology was used, with a multiplex reaction for quantification of T. cruzi satellite DNA and an internal amplification control (IAC). The detection limit found from our results was 400 parasites/mL, demonstrating that this method could be a reliable option for the diagnosis of congenital CD by the detection of T. cruzi in blood collected in filter paper.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,006 | 0,008 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,002 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,002 | 0,002 |
| Bibliométrie | 0,004 | 0,003 |
| Études des sciences et des technologies | 0,002 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,002 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,002 | 0,002 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,011 | 0,013 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».