Two Clubroot-Resistance Genes, Rcr3 and Rcr9wa, Mapped in Brassica rapa Using Bulk Segregant RNA Sequencing
Notice bibliographique
Résumé
Genetic resistance is widely used to manage clubroot (Plasmodiophora brassicae) in brassica crops, but new pathotypes have recently been identified on canola (Brassica napus) on the Canadian prairies. Resistance effective against both the most prevalent pathotype (3H, based on the Canadian Clubroot Differential system) and the new pathotypes is needed. BC1 plants of Brassica rapa from a cross of line 96-6990-2 (clubroot resistance originating from turnip cultivar ‘Waaslander’) and a susceptible doubled-haploid line, ACDC, exhibited a 1:1 segregation for resistance against pathotypes 3H and 5X. A resistance gene designated as Rcr3 was mapped initially based on the percentage of polymorphic variants using bulked segregant RNA sequencing (BSR-Seq) and further mapped using Kompetitive Allele Specific PCR. DNA variants were identified by assembling short reads against a reference genome of B. rapa. Rcr3 was mapped into chromosome A08. It was flanked by single nucleotide polymorphisms (SNP) markers (A90_A08_SNP_M12 and M16) between 10.00 and 10.23 Mb, in an interval of 231.6 Kb. There were 32 genes in the Rcr3 interval. Three genes (Bra020951, Bra020974, and Bra020979) were annotated with disease resistance mechanisms, which are potential candidates for Rcr3. Another resistance gene, designated as Rcr9wa, for resistance to pathotype 5X was mapped, with the flanking markers (A90_A08_SNP_M28 and M79) between 10.85 and 11.17 Mb using the SNP sites identified through BSR-Seq for Rcr3. There were 44 genes in the Rcr9wa interval, three of which (Bra020827, Bra020828, Bra020814) were annotated as immune-system-process related genes, which are potential candidates for Rcr9wa.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».