Meta-Analysis of Leukocyte Diversity in Atherosclerotic Mouse Aortas
Notice bibliographique
Résumé
The diverse leukocyte infiltrate in atherosclerotic mouse aortas was recently analyzed in 9 single-cell RNA sequencing and 2 mass cytometry studies. In a comprehensive meta-analysis, we confirm 4 known macrophage subsets—resident, inflammatory, interferon-inducible cell, and Trem2 (triggering receptor expressed on myeloid cells-2) foamy macrophages—and identify a new macrophage subset resembling cavity macrophages. We also find that monocytes, neutrophils, dendritic cells, natural killer cells, innate lymphoid cells-2, and CD (cluster of differentiation)-8 T cells form prominent and separate immune cell populations in atherosclerotic aortas. Many CD4 T cells express IL (interleukin)-17 and the chemokine receptor CXCR (C-X-C chemokine receptor)-6. A small number of regulatory T cells and T helper 1 cells is also identified. Immature and naive T cells are present in both healthy and atherosclerotic aortas. Our meta-analysis overcomes limitations of individual studies that, because of their experimental approach, over- or underrepresent certain cell populations. Mass cytometry studies demonstrate that cell surface phenotype provides valuable information beyond the cell transcriptomes. The present analysis helps resolve some long-standing controversies in the field. First, Trem2 + foamy macrophages are not proinflammatory but interferon-inducible cell and inflammatory macrophages are. Second, about half of all foam cells are smooth muscle cell-derived, retaining smooth muscle cell transcripts rather than transdifferentiating to macrophages. Third, Pf4 , which had been considered specific for platelets and megakaryocytes, is also prominently expressed in the main population of resident vascular macrophages. Fourth, a new type of resident macrophage shares transcripts with cavity macrophages. Finally, the discovery of a prominent innate lymphoid cell-2 cluster links the single-cell RNA sequencing work to recent flow cytometry data suggesting a strong atheroprotective role of innate lymphoid cells-2. This resolves apparent discrepancies regarding the role of T helper 2 cells in atherosclerosis based on studies that predated the discovery of innate lymphoid cells-2 cells.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,021 | 0,025 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,002 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,010 | 0,020 |
| Bibliométrie | 0,006 | 0,007 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,003 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,002 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,002 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».