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Enregistrement W3042615076 · doi:10.1002/csc2.20268

Testing for nonlinear genotype × environment interactions

2020· article· en· W3042615076 sur OpenAlexafffund
Rong‐Cai Yang

Notice bibliographique

RevueCrop Science · 2020
Typearticle
Langueen
DomaineAgricultural and Biological Sciences
ThématiqueGenetics and Plant Breeding
Établissements canadiensAlberta Ministry of Agriculture and ForestryUniversity of Alberta
Organismes subventionnairesNatural Sciences and Engineering Research Council of Canada
Mots-clésBiologyFunction (biology)Nonlinear regressionCrossoverHordeum vulgareNonlinear systemRange (aeronautics)Gene–environment interactionIntersection (aeronautics)StatisticsGenotypeMathematicsRegression analysisGeneticsEcologyPhysicsComputer sciencePoaceae

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Abstract The responses of different genotypes to an environmental gradient are often nonlinear and nonparallel. Current tests for differential genotypic responses are based largely on linear regression models (stability analysis) or on evaluations of all quadruples for crossover interactions (COIs) from a two‐way genotype × environment (G × E) table if the environments are unquantified. The objective of this study was to develop a new statistical analysis for comparing nonlinear genotypic response curves over an environmental gradient. We first conducted an investigation to find the points where the two nonparallel curves intersected. If the intersection points lie within the attainable environmental range, the two nonparallel curves involve COI; if the points lie at the boundaries or outside the attainable range, the nonparallel curves do not involve COI. We then developed statistical tests for comparing a full and a reduced model describing the two nonparallel curves. The tests were used to analyze a wheat ( Triticum aestivum L.) germination test (WGT) data under the reciprocal of a linear function and a barley ( Hordeum vulgare L.) cultivar trial (BCT) data under Cauchy function. The WGT analysis shows that at least one pair of cultivars involve COI over the temperature gradient, which went undetected by a previous test based on all possible quadruples. The BCT analysis revealed that 56% of 780 possible pairs of 40 genotypes differ significantly from each other, providing more insights into the patterns of complex G × E interactions. Our analysis is therefore a viable alternative to the existing procedures.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,821
Score d'incertitude au seuil0,257

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,098
Tête enseignante GPT0,242
Écart entre enseignants0,144 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations2
Publié2020
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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