VizSciFlow: A Visually Guided Scripting Framework for Supporting Complex Scientific Data Analysis
Notice bibliographique
Résumé
Scientific workflow management systems such as Galaxy, Taverna and Workspace, have been developed to automate scientific workflow management and are increasingly being used to accelerate the specification, execution, visualization, and monitoring of data-intensive tasks. For example, the popular bioinformatics platform Galaxy is installed on over 168 servers around the world and the social networking space myExperiment shares almost 4,000 Galaxy scientific workflows among its 10,665 members. Most of these systems offer graphical interfaces for composing workflows. However, while graphical languages are considered easier to use, graphical workflow models are more difficult to comprehend and maintain as they become larger and more complex. Text-based languages are considered harder to use but have the potential to provide a clean and concise expression of workflow even for large and complex workflows. A recent study showed that some scientists prefer script/text-based environments to perform complex scientific analysis with workflows. Unfortunately, such environments are unable to meet the needs of scientists who prefer graphical workflows. In order to address the needs of both types of scientists and at the same time to have script-based workflow models because of their underlying benefits, we propose a visually guided workflow modeling framework that combines interactive graphical user interface elements in an integrated development environment with the power of a domain-specific language to compose independently developed and loosely coupled services into workflows. Our domain-specific language provides scientists with a clean, concise, and abstract view of workflow to better support workflow modeling. As a proof of concept, we developed VizSciFlow, a generalized scientific workflow management system that can be customized for use in a variety of scientific domains. As a first use case, we configured and customized VizSciFlow for the bioinformatics domain. We conducted three user studies to assess its usability, expressiveness, efficiency, and flexibility. Results are promising, and in particular, our user studies show that VizSciFlow is more desirable for users to use than either Python or Galaxy for solving complex scientific problems.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,004 | 0,005 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,002 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,002 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,002 |
| Communication savante | 0,002 | 0,003 |
| Science ouverte | 0,004 | 0,003 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,004 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,005 | 0,003 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».