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Enregistrement W3044095559 · doi:10.1073/pnas.2007699117

Calcium and hydroxyapatite binding site of human vitronectin provides insights to abnormal deposit formation

2020· article· en· W3044095559 sur OpenAlexfundno aff
Kyungsoo Shin, James E. Kent, Chandan Singh, L. Miya Fujimoto, Jinghua Yu, Ye Tian, Wonpil Im, Francesca M. Marassi

Notice bibliographique

RevueProceedings of the National Academy of Sciences · 2020
Typearticle
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueErythrocyte Function and Pathophysiology
Établissements canadiensnon disponible
Organismes subventionnairesNational Institute of General Medical SciencesNational Cancer InstituteCanadian Institutes of Health Research
Mots-clésVitronectinChemistryCalciumCalcium-binding proteinBinding siteBiophysicsBinding domainCrystallographyBiochemistryReceptorBiologyIntegrin

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

The human blood protein vitronectin (Vn) is a major component of the abnormal deposits associated with age-related macular degeneration, Alzheimer's disease, and many other age-related disorders. Its accumulation with lipids and hydroxyapatite (HAP) has been demonstrated, but the precise mechanism for deposit formation remains unknown. Using a combination of solution and solid-state NMR experiments, cosedimentation assays, differential scanning fluorimetry (DSF), and binding energy calculations, we demonstrate that Vn is capable of binding both soluble ionic calcium and crystalline HAP, with high affinity and chemical specificity. Calcium ions bind preferentially at an external site, at the top of the hemopexin-like (HX) domain, with a group of four Asp carboxylate groups. The same external site is also implicated in HAP binding. Moreover, Vn acquires thermal stability upon association with either calcium ions or crystalline HAP. The data point to a mechanism whereby Vn plays an active role in orchestrating calcified deposit formation. They provide a platform for understanding the pathogenesis of macular degeneration and other related degenerative disorders, and the normal functions of Vn, especially those related to bone resorption.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,100
Score d'incertitude au seuil0,177

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,001
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,056
Tête enseignante GPT0,308
Écart entre enseignants0,252 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations24
Publié2020
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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