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Enregistrement W3046356574 · doi:10.4103/njecp.njecp_31_19

Lactobacillus pentosus KCA1 Decreases Vaginal and Gut Microbiota Associated with Bacterial Vaginosis

2020· article· en· W3046356574 sur OpenAlexaff
KingsleyChidozie Anukam, NnekaRegina Agbakoba, ChinweE Ejike, CharlotteB Oguejiofor

Notice bibliographique

RevueNigerian Journal of Experimental and Clinical Biosciences · 2020
Typearticle
Langueen
DomaineImmunology and Microbiology
ThématiqueReproductive tract infections research
Établissements canadiensOntario Genomics
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésBacterial vaginosisLactobacillusBiologyGut floraMetagenomicsUniFrac16S ribosomal RNAPhylogenetic treeAlpha diversityBeta diversityMicrobiologyImmunologyGeneBacteriaGeneticsEcologySpecies diversity

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Introduction: Bacterial vaginosis (BV) which affects 14%–50% of reproductive-aged women in Nigeria is misdiagnosed and underreported. Treatment option is antibiotics, which leads to recurrent infections. The objectives of this study are three folds: first, to determine effects of oral feeding of Lactobacillus pentosus KCA1 on the vaginal and gut microbiota of women diagnosed with BV; second, to measure the level of two pro-inflammatory cytokines interleukin-1 (IL-1)-beta and IL-6 before and after KCA1 consumption; and third, to determine the relative abundance of bacterial metabolic genes. Materials and Methods: Seven women diagnosed with BV by Nugent score (7–10) were recruited to provide vaginal and gut sample before and after 14-day oral intake of 3 g of L. pentosus KCA1. The DNA from the swabs was processed for 16S rRNA metagenomics using Illumina MiSeq platform. The paired-end sequence FASTQ reads were imported into Illumina Basespace pipeline for quality check. In addition, EzBioCloud pipeline was used for alpha- and beta-diversity estimation using PKSSU4.0 version and open reference UCLUST_MC2 for operational taxonomic units picking at 97% cutoff. Blood samples were analyzed using ELISA technique. Phylogenetic Investigation of Communities by Reconstruction of Unobserved States was used to predict the metabolic functions from the 16S rRNA gene dataset. Results: On average, there was no significant difference at P = 0.05 in the alpha-indices typified by Shannon index. The beta-diversity showed different clustering positions with principal coordinate analysis. However, at individual taxonomic categories, there was a significant decrease in the relative abundance of some genera associated with BV after KCA1 feeding with a corresponding increase of Lactobacillus genus. Bacterial genes related to defense systems were upregulated in the vagina. There was a two-fold downregulation of IL-1-beta after consumption of KCA1. Conclusion: Our findings suggest that L. pentosus KCA1 taken orally lowers pro-inflammatory cytokine and IL-1-beta and decreases the relative abundance of BV-associated bacteria.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,001
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,002
Score d'incertitude au seuil0,008

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,001
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0020,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,044
Tête enseignante GPT0,330
Écart entre enseignants0,286 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations2
Publié2020
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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